Родился 1 сентября 1906 года в городе Наваретте. При режиме Трухильо занимал важные политические посты, в том числе пост министра образования и вице-президента.
В первый раз занял пост президента в 1960 году. До убийства Рафаэля Трухильо в 1961 году Балагер лишь формально был президентом страны. После этого Балагер попытался либерализовать правительство. Летом 1961 года в стране начались забастовки и антиправительственные демонстрации. Балагер бросил на их подавление все вооружённые силы. Но это не помогло, и он был вынужден укрыться в США. К власти пришёл Хуан Бош. После вооружённой интервенции и свержения Боша Балагер в 1965 году вернулся на родину. 1 июня 1966 года он был избран президентом от созданной им Реформистской партии. В 1970 и 1974 году Балагер переизбирался повторно, но в 1978 году проиграл оппозиционной партии. В 1986 году ему вновь удалось выиграть выборы, в 1990 и 1994 году он был переизбран. Проводимая им в эти годы политика породила экономическую нестабильность и рост внешнего долга, после чего Балагер был вынужден назначить выборы на 1996 год. На них победу одержал Леонель Фернандес Рейна.
14 июля 2002 года Балагер умер в Санто-Доминго в возрасте 95 лет.
