Стеффенс был сыном богатого торговца. Он закончил учёбу в университете Беркли, а также учился во Франции и Германии.
С 1892 он работал репортёром в «Нью-Йоркской вечерней газете» (англ. The New York Evening Post), а позже стал издавать журнал Макклюра (англ. McClure's Magazine).
В 1906 вместе с Айдой Тербел (англ. Ida Tarbell) и Реем Бейкером (англ. Ray Stannard Baker) он основал радикальное издание «Американский журнал» (англ. American Magazine), где был главным представителем журналисткого стиля «разгребание грязи» (англ. muckraking).
В своих книгах «Стыд городов» (англ. The Shame of the Cities (1904)), «Борьба за самоуправление» (англ. The Struggle for Self-Government (1906)), «Строители» (англ. The Upbuilders (1909)) Стеффенс обличал местную бюрократию в коррупции. Он рассчитывал, что радикальные реформы могут улучшить ситуацию в стране.
Он поддерживал участников Мексиканской революции в 1910, о которой он много писал и надеялся, что её цели будут иметь успех.
В 1919 вместе со специальным дипломатическим представитлем США Уильямом Буллитом Стеффенс посетил Советскую Россию, где он встретился с Лениным и наркомом иностранных дел Чичериным. Стеффенс с энтузиазмом писал: «Я видел будущее и оно работает» (англ. I have seen the future and it works).
Позже он часто участвовал в рабочих собраниях, где выступал против фашизма.
Его двухтомная «Автобиография» стала ценным классическим произведением американской литературы.
Свои последние годы Линкольн Стеффенс жил в Кармеле, Калифорния, где его навестили Илья Ильф и Евгений Петров. Их встречу они описали в своей книге «Одноэтажная Америка».
Стеффенс умер 9 августа 1936 года.
