Потомственный дворянин. Получил домашнее образование, затем учился в гимназии при Московском университете.
В 1763-1771 годах служил в гвардейском Преображенском полку. В 1768 году женился на О. С. Балбековой, у них родились две дочери-близняшки, но обе умерли в раннем возрасте следом за своей матерью. После выхода в отставку поселился в своём наследственном имении — селе Рузаевка и построил там великолепный усадебный комплекс.
Второй раз женился в 1772 году на Александре Петровне Озеровой, родственнице известного впоследствии драматурга, дочери помещика Нижнеломовского уезда Пензенской губернии. Она родила 19 детей, но в живых из них остались только восемь: пятеро сыновей и три дочери. Один из сыновей Н. Е. Струйского — Леонтий Николаевич (1784—1825) является отцом поэта А. И. Полежаева.
Н. Е. Струйский стремился создать в своей усадьбе атмосферу поклонения наукам, искусству и праву. Был в дружеских отношениях с художником Ф. С. Рокотовым. В 1792 году открыл в Рузаевке частную типографию. Издания этой типографии отличались высоким качеством.
В разные годы было издано более 50 книг и отдельных сочинений Н. Е. Струйского на русском и французском языках. Н.Е.Струйский пользовался расположением Екатерины II и посылал ей вновь выпускавшиеся издания. Тем не менее типография прекратила существование после запрета Екатериной II, напуганной террором французской революции 1789-1794 гг., частных типографий. А при известии о смерти Екатерины самого Струйского разбил удар, от которого он уже не оправился.
Многие современники отзывались о Струйском, как о чудаке-графомане. Так, князь И. М. Долгорукий писал о нём следующее:
-
Усадьба Струйских в Рузаевке. Фото 1886 года.
-
Портрет А. П. Струйской, второй жены Н. Е. Струйского, работы художника Ф. С. Рокотова
