Карел Шкорпил, вместе со своим братом Германом, считаются основателями болгарской археологии. Сотрудничали с братом Владиславом Шкорпилом, археологом и классическим филологом, директором Керченского музея древностей.
К.Шкорпил закончил гимназию в Пардубице. Учился в пражском Карловом университете и в Высшем техническом училище, там же. Затем преподавал математику, точные науки и рисование в Болгарии — в гимназиях Пловдива, Сливена, Варны, Русе и Велико-Тырново. С 1915 года и до своей смерти руководил Варненским археологическим музеем.
Переквалифицировавшись ещё в молодые годы в профессионального археолога, К.Шкорпил самостоятельно и в соавторстве со своим братом за 50 лет деятельности опубликовал около 150 научных работ, в том числе 30 из них на немецком, русском и чешском языках. Являлся одним из основателей Варненского археологического музея и Варненского археологического общества (1901). К научным заслугам К.Шкорпила относятся его археологические раскопки и открытия на территории первой болгарской столицы — Плиски. В 1917 году он проводит в Добрудже исследования староболгарских укреплений и поселений. В 1918 году вёл раскопки древних погребений близ села Требенище, в Македонии.
Карел Шкорпил похоронен в Плиске.
