Рында с большим саадаком в 1585. Во время преследования Шуйских Годуновым с 1587 находился в ссылке в Шуе. В 1591 Годунов уже не видя опасности в Шуйских возвращает их в Москву. С тех пор Шуйские в целом вели себя лояльно. Боярин примерно с 1597, однако позже был лишен боярства в 1602.
Во время восстания Болотникова был одним из царских воевод. 23 сентября 1606 на реке Угре потерпел поражение от Болотникова. Под командованием Скопина-Шуйского участвовал в бою под Котлами 2 декабря 1606 года, приведшем к деблокаде Москвы. 30 декабря начал осаду Калуги, закончившуюся поражением в мае 1607 года.
После падения Василия IV Шуйского поляки вывезли всех потомков Шуйских в Польшу. Иван Иванович пробыл в плену с 1610 по 1619. После возвращения в 1620 управлял Московским судным приказом.
