Зимой 1562/63 упомянут в свите царя в его походе "для своего дела и земскова с Москвы". В 1566 — участник Земского собора по поводу продолжения войны с Польшей. Был участником многих походов, воеводой в Кашире и Серпухове. Во время нашествия на Москву 120-тысячного крымско-турецкого войска под предводительством хана Девлет-Гирея в 1572 году командовал сторожевым полком «детей боярских» в победоносной Битве при Молодях.
С 1577 года — боярин.
В 1573, 1577, 1580-1584, 1585-1586 - наместник и воевода в Пскове . Лично руководил героической обороной Пскова в 1581 г., во время осады его польским королем Стефаном Баторием. После снятия осады ещё два года воеводствовал в Пскове, затем переехал в Москву и был введен Иваном Грозным в состав регентского совета, образованного для ведения дел при слабоумном наследнике — Федоре Ивановиче.
Иван Петрович враждовал с Борисом Годуновым в годы правления Федора Ивановича. В 1586 году Шуйские с помощью митрополита Дионисия пытались развести царя Федора с Ириной Годуновой, но их попытка оказалась неудачной, в результате чего Борис Годунов удержался у власти, а Дионисий лишился статуса митрополита.
Годунов с провокационной целью поручил Ивану Петровичу судить местническое дело печатника Алферьева с Ф.Л.Лошаковым—Колычевым, а затем обвинил Шуйского в том, что тот судил в пользу своего близкого Колычева и сослал в Кирилло-Белозерский монастырь.
Там 16 ноября 1588(?) года насильственно принужденный принять схиму Шуйский неожиданно умер в своей келье при таинственных обстоятельствах от угарного газа.
