Василий Яковлевич Щелкалов в 1566 году участвовал на земском соборе.
В следующем году ездил с послами Иоанна IV к Сигизмунду III для заключения мирного договора; потом управлял Посольским приказом, Нижегородской четвертью, Казанским дворцом, Стрелецким приказом и Разрядной избой; наконец, был печатником, одновременно управляя и Посольским приказом.
Иностранцы, особенно англичане, не любили Василия Щелкалова, равно как и его брата Андрея Яковлевича, и давали о них весьма нелестные отзывы, главным образом из-за того, что Щелкаловы стремились к уничтожению торговых привилегий иностранных купцов.
В 1601 году он подвергся опале «за самовольство» и избавился от нее только при появлении в Москве Лжедмитрия I, который пожаловал его в окольничие.
Хотя, по мнению современников, Василий Яковлевич и уступал брату в «дипломатической ловкости» и уме, он был самым влиятельным дьяком после брата, в истории России.
