Служба
Сын генерал-майора князя Михаила Юрьевича Щербатова от брака с княжной Ириной Семёновной Сонцовой-Засекиной. Щербатов получил глубокое и разностороннее домашнее образование. В раннем детстве был записан в гвардейский Семёновский полк, а в 1756 году произведён в прапорщики. Вышел в отставку сразу после манифеста «О вольности дворянства» в чине капитана.
В 1767 он поступил на гражданскую службу: в конце 60-х гг. работал в Комиссии по составлению нового Уложения и выдвинулся как лидер оппозиционного правительству родовитого дворянства. В 1771 сделан герольдмейстером и в эти годы разбирал по поручению Екатерины II бумаги Петра Великого. В 1773 пожалован в камергеры. В 1778 г. он стал президентом Камер-коллегии с чином тайного советника и был назначен присутствовать в экспедиции винокуренных заводов; в 1779 г. был назначен сенатором. Около 1788 вышел в отставку в чине действительного тайного советника.
От брака с дальней своей родственницей, княжной Наталией Ивановной Щербатовой, имел двух сыновей Ивана и Дмитрия и четырёх дочерей Ирину (жена историка М. Г. Спиридова), Прасковью, Анну, Наталью.
Щербатов как историк
Щербатов был историком и публицистом, экономистом и политиком, философом и моралистом, человеком поистине энциклопедических познаний. В «Истории Российской от древнейших времён» (доведена до 1610) подчеркивал роль феодальной аристократии, сводя исторический прогресс к уровню знаний, наук и разума отдельных личностей. В то же время труд Щербатова насыщен большим количеством актовых, летописных и др. источников. Щербатовым были найдены и опубликованы некоторые ценные памятники, в том числе «Царственная книга», «Летопись о многих мятежах», «Журнал Петра Великого» и др. По мнению С. М. Соловьева, недостатки трудов Щербатова были результатом того, что «он стал изучать русскую историю, когда начал писать её», а писать её он очень торопился. До самой своей смерти Щербатов продолжал интересоваться политическими, философскими и экономическими вопросами, излагая свои взгляды в ряде статей.
Русской историей стал заниматься под влиянием Миллера, о чём он сам говорит в предисловии к I т. «Истории российской». На основании 12-ти списков, взятых из разных монастырей, и 7-и собственных, не имея никакой предварительной подготовки, он взялся за составление истории. Тогда же начинается усиленная издательская деятельность Щербатова. Он печатает: в 1769 г., по списку патриаршей библиотеки, «Царственную книгу»; в 1770 г., по повелению Екатерины II — «Историю свейской войны», собственноручно исправленную Петром Великим; в 1771 г. — «Летопись о многих мятежах»; в 1772 г. — «Царственный летописец». Собственная его история несколько замедлилась вследствие необходимости к летописным источникам присоединить и архивные, до него никем, кроме Миллера, не тронутые. В 1770 г. он получил разрешение пользоваться документами московского архива иностранной коллегии, где хранились духовные и договорные грамоты князей с середины XIII в. и памятники дипломатических сношений с последней четверти XV в.
Щербатову ещё при жизни приходилось защищать свой труд от общих нападок, особенно против Болтина. В 1789 г. он напечатал «Письмо к одному приятелю, в оправдание на некоторые скрытые и явные охуления, учиненные его истории от г. ген.-майора Болтина», что вызвало ответ Болтина и отповедь, в свою очередь, Щербатова, напечатанную уже после его смерти, в 1792 г. Болтин указывал на ряд ошибок Щербатова: 1) в чтении летописи, вроде превращения «стяга» в «стог», «идти по нем» в «идти на помощь» и т. д. и 2) на полное незнакомство Щербатова с исторической этнографией и географией. Действительно, его история очень страдает в этом отношении. Щербатов не сумел ориентироваться в древней этнографии, а ограничился пересказом известий по французским источникам да и то «толь смутно и беспорядочно, — по его собственному заявлению, — что из сего никакого следствия истории сочинить невозможно». Но дело в том, что этот вопрос был наиболее тёмным, и только Шлецеру удалось внести туда некоторый свет.