Молодые годы
Яков IV был старшим сыном короля Шотландии Якова III и Маргариты Датской. Сразу после рождения он получил титулы герцога Ротсея, графа Каррика и лорда Каннингема.
В 1488 г. пятнадцатилетний Яков стал номинальным лидером мятежа южно-шотландских баронов против своего отца. Королевская армия была разбита восставшими в битве при Сочиберне 11 июня 1488 г., Яков III погиб, спасаясь бегством, и молодой принц взошёл на престол Шотландии под именем Якова IV.
Высшие посты в королевской администрации заняли лидеры мятежа против Якова III — представители родов Хепбернов и Хьюмов. Канцлером Шотландии стал граф Аргайл. Однако доминирование в органах власти узкой олигархии нескольких семей вскоре вызвало недовольство других участников мятежа 1488 г., не получивших свою долю вознаграждения. Это привело в 1489 г. к восстанию графа Леннокса, которое хотя и было подавлено королевскими войсками, повлекло за собой ликвидацию олигархического правления и привлечение на королевскую службу более широких слоев дворянства. К 1491 г., когда Яков IV полностью избавился от опеки, уже можно говорить о складывании новой системы королевской власти в стране, основанной на сильной, авторитарной власти короля с опорой на самые широкие слои дворянства.
Внутренняя политика
Подчинение Шотландского высокогорья
Установлению сильной центральной власти в Шотландии препятствовало полунезависимое состояние горских кланов западного побережья и Гебридских островов. Яков IV, который по свидетельству современников свободно владел гэльским языком и поощрял искусство гэльских бардов, тем не менее начал последовательную политику подчинения гэльских регионов страны. В 1493 г. последний лорд Островов под давлением короля отрекся от власти и уступил свои обширные владения на Гебридах короне. Яков IV предпринял несколько экспедиций на западное побережье страны: от гэльских вождей была получена присяга верности, заново были отстроены существующие и сооружены новые королевские крепости, наиболее беспокойные лидеры были казнены, на острова назначены шерифы и сборщики налогов, вожди кланов стали ответственными перед королем за преступления, совершенные членами их кланов.
Усиление королевской власти на западном побережье не могло не вызвать недовольства гэльских лидеров. В то же время, в 1499—1501 гг. король перепоручил заботу о наведении порядка в шотландском высокогорье графам Аргайлу и Хантли. Этим воспользовались вожди гэльских кланов во главе с Торкилем Мак-Леодом. Они в 1501 г. освободили Дональда Дуфа («Чёрного Дональда»), последнего представителя рода лордов Островов, который уже 20 лет находился в заключении у графа Аргайла. Выход Дональда на свободу послужил толчком к мощному гэльскому восстанию, охватившему Гебридские острова и северо-западное побережье Шотландии. Лишь ценой значительных усилий и концентрации на Гебридах всего королевского флота и значительной части артиллерии королевским войскам во главе с графом Хантли удалось к концу 1504 г. подавить основные очаги сопротивления. Укрепления Торквиля Мак-Леода на острове Льюис пали только в 1506 г., вскоре после этого был вновь захвачен Дональд Дуф.
Следует отметить, что подавление восстания 1501—1506 гг. не означало окончательного решения гэльской проблемы. Любое ослабление королевской власти в XVI веке использовалось вождями горских кланов для возобновления волнений и усобиц. В то же время резко усилилось влияние королевских агентов в горных регионах — графов Аргайла и Хантли, что позволило им в дальнейшем играть важные роли в шотландской политике.
Церковная политика
В отношении церкви Яков IV продолжал политику своих предшественников, направленную на усиление королевской власти в церковных делах. Яков IV фактически узурпировал право папы римского назначать епископов и других должностных лиц в церковной иерархии и решительно вмешивался в организационные вопросы шотландской церкви. Так в 1492 г., по инициативе короля в Глазго было создано второе шотландское архиепископство. Брат короля, двадцатилетний Джеймс, герцог Росский, в 1497 г. стал архиепископом Сент-Эндрюсским, а после его смерти в 1504 г. архиепископом был избран одиннадцатилетний незаконный сын Якова IV Александр Стюарт. Это означало полное подчинение главной церковной кафедры Шотландии королю и концентрацию церковных доходов в руках Якова IV. Переход церкви под контроль королевской власти вместе с повсеместным распространением непотизма и симонии резко подорвали позиции католической церкви в Шотландии.