После смерти Абдуллы ибн Ясина (1058 или 1059 год) среди оставшихся в Сахаре племен альморавидов возникли раздоры, которые быстро перешли в открытую войну. Абу Бекр, находившийся тогда в Магрибе, был вынужден поспешить в Сахару для восстановления порядка. Командующим войсками Альморавидов в Магрибе Абу Бекр, под влиянием своей жены Зейнаб, назначил своего племянника Юсуфа ибн Ташфина.
Абу Бекру удалось быстро восстановить порядок среди берберов Сахары и Сенегала и после этого направить свои силы на негров Судана. После войны в Судане Абу Бекр попытался вернуться в Магриб (1071—1072 годы), но значительно возросшие силы Юсуфа воспрепятствовали Абу Бекру возглавить и магрибских Альморавидов. Абу Бекру пришлось вернуться в Сахару, где он продолжал действовать в качестве главы тамошних Альморавидов до самой своей смерти, последовавшей в 1087 году. После этого берберы Сахары подчинились власти Юсуфа.
