Получил юридическое образование, однако позднее решил избрать теологическую карьеру. С 1905 года — пастор Реформированной церкви Франции. С 1929 по 1961 год — первый президент Протестантской федерации Франции (F?d?ration protestante de France). В 1938—1948 годах — президент административного комитета временного Всемирного совета церквей, а после окончательного учреждения Совета — один из его сопредседателей до 1954 года.
В годы оккупации Бёнье приложил немало усилий для спасения евреев, за что в 1988 году организация Яд Вашем причислила его к праведникам. В 1943 году открыто осудил принудительную отправку людей на работу в гитлеровскую Германию. Маршал Петен, не желая вступать в открытую конфронтацию с Гитлером по еврейскому вопросу, тем не менее с одобрением относился к деятельности Бёнье, в годы войны лично встречался с ним 6 раз и даже наградил его высшей наградой режима Виши — орденом Франциски. После войны, на процессе по обвинению Петена в государственной измене, Бёнье свидетельствовал о «добрых намерениях» маршала.
После войны участвовал в экуменическом движении, был приглашён в качестве наблюдателя на Второй Ватиканский Собор (1962—1965), где провёл публичный диалог с кардиналом Августином Беа и встречался с папой Павлом VI.
Сочинения
- Les Cat?chismes de Calvin, ?tude d’histoire et de cat?ch?tique, th?se de doctorat soutenue devant la facult? de th?ologie protestante en 1905
- The Unity of the Church (1914)
- La Vie et la pens?e de T. Fallot, 2 vol. (1914—1926)
- L’Influence de la R?forme sur le d?veloppement du droit international (1926)
- Le Christianisme et le monde moderne (1928, recueil de pr?dications)
- Les Missions protestantes et le droit international (1929)
- Dieu, l'?ternel tourment des hommes (1929, recueil de pr?dications)
- J?sus-Christ (1930, recueil de pr?dications)
- T. Fallot, l’homme et l'?uvre (1931)
- Qu’est-ce que l'?glise ? (1931, recueil de pr?dications)
- L'?glise et les questions du temps pr?sent (1932)
- La Vie chr?tienne (1933)
- Le Christ devant la souffrance et devant la joie (1935, recueil de pr?dications)
- L'?vangile et le racisme (1939)
- Le Probl?me de l’unit? chr?tienne (1947, recueil de pr?dications)
- La Pri?re de l'?glise universelle (1951)
- La Vie triomphante (1953)
- Le Chr?tien et la souffrance (1956)
- Les Sept paroles de la Croix (1957)
- Notre vocation ? la saintet? (1958)
- T?n?bres et Lumi?res aux abords du Calvaire (1960, recueil de pr?dications)
- L’Exigence ?cum?nique des ?glises. Souvenirs et perspectives (1968)