Вильгельм II был младшим и единственным пережившим отца сыном Рожера I Борсы, герцога Апулии и Калабрии, и Аделы Фландрской. По отцовской линии приходился двоюродным дядей Рожера II Сицилийского, по матери - сводным братом Карла I Доброго, графа Фландрского.
Вильгельм II наследовал отцу в 1111 году, первые годы регентшей при нём была его мать Адела Фландрская. Правление Вильгельма II ознаменовано анархией и феодальными междоусобицами в Апулии. Так в Бари в результате междоусобной войны был убит архиепископ, арестована вдова Боэмунда Констанция, а князем Бари провозгласил себя узурпатор Гримоальд. В 1117-1118 году Вильгельм II не смог помочь своим суверенам папам Пасхалию II и Геласию II в их борьбе против императора Генриха V, и только при помощи капуанского князя Роберта Геласию II удалось водвориться в Риме.
Для борьбы с непокорными феодалами Вильгельм II был вынужден прибегать к военной и финансовой помощи сицилийского кузена Рожера II. При посредничестве папы Каликста II Вильгельм II и Рожер II заключили в 1122 году три соглашения. В соответствии с ними Вильгельм II за помощь Рожера II в борьбе с непокорными феодалами передавал последнему Калабрию, удержав за собой лишь титул герцога, и сицилийские владения (Палермо, Мессину и долину Валь-Демоне), удержанные Робертом Гвискаром в личном владении во время завоевания острова.
В 1114 году Вильгельм II женился на Гаительгриме, дочери графа Роберта из Караццо, но брак остался бездетным. В 1125 году на личной встрече в Мессине Вильгельм II в обмен на очередную финансовую помощь признал Рожера II своим наследником. При этом ранее схожие обещания Вильгельм II давал папе и своему двоюродному брату Боэмунду II, князю Антиохии. В результате после смерти Вильгельма II Рожер II, взойдя на апулийский трон, оказался втянут в многолетнюю войну в Апулии.
Вильгельм II скончался 25 июля 1127 года в Салерно и был погребён в местном кафедральном соборе. Ему наследовал Рожер II, объединив, тем самым, все норманнские владения в Южной Италии.
