До избрания
О жизни Агафона до избрания папой известно мало. Уже давно существует версия, отождествляющая Агафона с известным по письму папы Григория Великого монахом Агафоном, греком, родом из Сицилии. Этот Агафон происходил из богатой семьи, родители-христиане дали ему хорошее образование. После их смерти Агафон, который был уже женат, раздал собственность нищим и пожелал принять иночество в монастыре св. Ермы в Палермо; письмо Григория разрешает ему принять монашество, если на то же согласна его жена. Если сицилиец Агафон и папа — одно и то же лицо, то ему было около 100 лет в момент избрания на папский престол (понтификат Григория — 590—604), и ему, таким образом, принадлежит рекорд долгожительства среди пап (Лев XIII прожил 93 года); однако такая идентификация многими ставится под сомнение.
Понтификат
Созванный Агафоном в 680 году Латеранский собор осудил монофелитство. Агафон стремился к усилению влияния папства в Британии. Восстановил на кафедре Вильфрида Йоркского, незаконно смещённого кентерберийским архиепископом; отправил в Британию архикантора Иоанна распространять римский обряд литургии.
При нём созван византийским императором Константином IV шестой Вселенский (Трулльский) собор, на котором было осуждено учение монофелитов и были преданы анафеме лидер монофелитов антиохийский патриарх Макарий, а также покойные константинопольские патриархи Сергий I, Пирр, Павел, Пётр и папа Гонорий I. Собор признал Рим догматическим главой христианского мира. Агафон умер прежде, чем постановления Собора были доставлены в Рим.
Канонизация
Церковь почитает этого папу как святого чудотворца и празднует его память: Православная 20 февраля (по юлианскому календарю), а Католическая — 10 января.
