Буковац родился в Цавтате около Дубровника, но получил художественное образование в Париже ( с 1877 года) на деньги, выделенные хорватским политиком и писателем Медо Пучичем. Учился в Школу изящных искусств у Александра Кабанеля. Выставлялся в парижском Салоне, где имел успех у критики. Во время обучения, а также позже Влахо Буковац много путешествовал.
Хотя Буковац получил художественное образование в духе академической традиции, он был также хорошо знаком с импрессионизмом, и в собственном творчестве пришёл к технике пуантилизма. В начале XX века импрессионизм и пуантилизм были ведущим направлением в живописи стран Западных Балкан: кроме Буковаца, в этой манере писали Словенские импрессионисты и Надежда Петрович в Сербии.
С 1893 по 1897 год Буковац жил в Загребе, работая в основном над пейзажами. Одновременно он стал центральной фигурой в художественной жизни города, основал художественную школу и участвовал в организации Художественного павильона, одной из крупнейших хорватских галерей и выставочных залов. В 1893 году он организовал первую выставку хорватского искусства во Дворце Академии. В результате конфликтов он вынужден был вернуться в Цавтат, где жил с 1898 по 1902 год. Затем он переехал в Прагу, где в 1903 году был назначен профессором Академии изящных искусств (чеш. Akademie vytvarnyh umeni). Пражский период творчества Буковаца характерен в основном портретами. В Праге он работал до своей смерти в 1922 году.
В 1994 году хорватский режиссёр Богдан Жижич снял фильм «Влахо Буковац».
