Сын воеводы виленского Яна Юрьевича Глебовича и Анны Дёдоровны Заславской. Отец умер, когда Яну было 5 лет, опекунство взял великий гетман литовский Николай Радзивилл «Рыжий». Ян Глебович изучал свободные искусства в одном из западноевропейских университетов, затем полтора года находился при дворе императора Священной Римской империи, после при дворе короля и великого князя Сигизмунда Августа. В 1563 году, в возрасте 19 лет, начал воинскую службу — направлен в полоцкий гарнизон, участвовал в обороне Полоцка 1563 года от русских, с собственным отрядом участвовал в вылазках, был ранен и попал в плен. Иван IV, узнав что Ян Глебович знаток Библии, вел с ним дискуссии о религии. Находясь в Москве он собирал разведывательную информацию и переправлял ее в ВКЛ, после разоблачения ждал казни, но был помилован Иваном IV. Царь хотел через Глебовича склонить литовских магнатов к поддержке Московского государства, Глебович пообещал царю это и в 1566 году был обменён на русского пленника.
По освобождении из плена Ян Глебович сообщил Сигизмунду Августу о намерениях Иван IV, король оправдал поступок Глебовича, но староста жмудский Ян Ходкевич неоднократно обвинял Глебовича в государственной измене, последнему пришлось обратиться к королю за подтверждением оправдания. Ссора с Ходкевичем едва не дошла к дуэли, они помирились только при избрании великим князем Стефана Батория в 1576году, когда оба магната противостояли Радзивиллам.
В 1571 году Ян Глебович назначен на должность каштеляна минского в новом Минском воеводстве. Построил в Минске кальвинистский собор. Был одним из жертвователей кальвинистского собора в Вильне. В 1576 году возглавлял делегацию ВКЛ с требованиями к Стефану Баторию. Участвовал в освобождении Полоцка в 1579 году, взятии Великих Лук, осаде Пскова. В 1577 году построил в Заславле кальвинистский собор и основал типографию, работу которой организовывал известный печатник Даниэль Ленчицкий. По приглашению Яна Глебовича в Заславле некоторое время жил и работал философ и теолог Симон Будный. В 1588 году при избрании королём и великим князем Сигизмунда Вазы Ян Глебович возглавлял делегацию ВКЛ с требованием утверждения третей редакции Литовского статута, согласно которому ВКЛ было суверенным государством, и Статут был утвержден.
Умер в возрасте 47 лет, оставив двух малолетних сыновей — Яна и Николая.
