Страбон был младшим сыном Секста Помпея. В 103 он был квестором в Сардинии, а в 94 до н. э. — претором.
В начале Союзнической войны Страбон стал легатом у консула 90 до н. э. Публия Рутилия Лупа. Страбон потерпел поражение возле Фалернской горы от объединённых сил Видацилия, Тита Лафрения и Публия Веттия, после чего был вынужден запереться в городе Фирма. Двое полководцев ушли, оставив осаждать город Тита Лафрения. Помпей же расправился с Лафрением и вскоре осадил и взял Аускул. После этого Страбон был избран консулом на 89 до н. э. Вскоре Помпей разбил крупные силы италиков, которые направлялись на север, чтобы создать в Этрурии второй очаг войны. Этот успех окончательно укрепил верность североиталийских областей Риму (несколько ранее все области, не выступившие против Рима, получили гражданство). До окончания войны Страбон провёл ещё несколько успешных сражений. В частности, он установил контроль над марруцинами и вестинами, а также победил наиболее опасных противников римлян — марсов.
25 декабря 89 года Страбон справил триумф.
В 88 до н. э. Страбон находился со своей армией в Капуе и не участвовал в противостоянии консулов Луция Корнелия Суллы и Квинта Помпея Руфа с одной стороны, и Гая Мария с другой. Однако ближе к концу года Квинт Помпей Руф прибыл в Капую с требованием передать под его руководство войска, чем Страбон был недоволен. При неясных обстоятельствах Квинт был убит.
После отплытия Суллы на войну с Митридатом и мятежа консула Цинны (который был вскоре лишён полномочий) консул Гней Октавий и консул-суффект Луций Корнелий Мерула вызвали армию Страбона на помощь республике. Он немедленно привёл свои войска к Риму и расположился лагерем у Коллинских ворот. Известно, что в этом лагере вместе со Страбоном находился его сын. Мятежники во главе с Марием и Цинной нарушили снабжение Рима хлебом, не вступая в бой. Наконец, Марию удалось повлиять на военного трибуна Аппия Клавдия, который открыл ворота Рима. Гней Октавий и Страбон сумели отбросить мятежников обратно за стены Рима, но в это время Страбон совершенно внезапно умер.
Плутарх следующим образом охарактеризовал Помпея Страбона:
