После смерти Александра Баласа провозгласил в 145 году до н. э. его малолетнего сына Антиоха VI царём, но в 142 году до н. э. свергнул его и захватил власть в области Полая Сирия, где Деметрий II Никатор был непопулярен из-за жестокого обращения с евреями.
Внутренняя обстановка в различных областях государства Селевкидов была сложной и Трифон активно искал союзников, привлёк на свою сторону хасмонеев, которые боролись против Деметрия II. Хасмонейский первосвященник Ионатан в 141 году до н. э. был приглашён Трифоном в Птолемаиду на дружескую встречу. Он убедил Йонатана распустить 40-тысячную армию в обмен на несколько крепостей. Когда Йонатан прибыл с отрядом в тысячу человек на встречу, по приказу Трифона все воины были убиты, а сам первосвященник был пленён и позже казнён.
Вместо Ионатана первосвященником был избран его брат Симон, который поддержал сирийского царя Антиоха VII Сидета, выступившего против Трифона. В 138 году до н. э. Антиох VII победил его, после чего Трифон покончил жизнь самоубийством.
В 138 году до н. э. Трифон объявил о болезни Антиоха VI и необходимости хирургической операции. Предположительно, болезнь была использована для маскировки убийства Антиоха VI.
