Отличившись уже во время войн Батория, он, благодаря покровительству Яна Замойского, возвысился до сана польского коронного гетмана. Усмирил казацкое восстание, вспыхнувшее на Украине под предводительством Наливайко и Лободы; участвовал в войне со шведами в Лифляндии.
Во время бунта шляхты против короля Сигизмунда, известного под именем рокоша Зебжидовского, Жолкевский, хотя и нелюбимый королем и сам не расположенный к нему, встал на его сторону и в 1607 году в битве под Гузовым наголову разбил рокошан.
Тем не менее, король относился к нему подозрительно и враждебно; только война с Русским государством заставила Сигизмунда вновь обратиться к Жолкевскому. Жолкевский был против этой войны, считая, что она не соответствует интересам Польши, но принял в ней участие, после того как его миролюбивые доклады королю не имели успеха. Разбив в 1610 году при Клушине Дмитрия Шуйского, он подступил к Москве, где тем временем царь Василий Шуйский был свергнут с престола, добился избрания королевича Владислава на московский престол и занял Москву польским войском.
Получив известие, что Сигизмунд хочет сам быть русским царем, Жолкевский понял, что у поляков весьма незначительные шансы в Москве, и уехал из русской столицы, сдав начальство над польским гарнизоном Гонсевскому; при отъезде он захватил с собой Василия Шуйского и его братьев.
За поход на Москву Жолкевский получил в 1613 году сан великого коронного гетмана, а через несколько лет был назначен и великим королевским канцлером. Последние годы своей жизни он провёл в защите южных границ Речи Посполитой от татарских и турецких нападений и пал в 1620 году в неудачной для поляков битве с турками под Цецорой.
