Родился 3 октября 1886 года в городе Ла-Шапель-д'Анжийон. Получил мировую известность благодаря единственному завершенному роману Большой Мольн (фр. Le Grand Meaulnes), написанному в 1913 году. Роман написан в лирической манере, как воспоминания автора о детских годах, о школе, об играх и думах подростков, роман сочетает динамичный сюжет и романтическую интригу с реалистическим изображением французской провинциальной жизни.
Получив известность после издания романа, Ален-Фурнье устроился секретарем состоятельного бизнесмена Клода Казимир-Перье, в соавторстве с которым работал над книгой «Брест, трансатлантический порт» (фр. Brest, port transatlantique). Погиб писатель на фронте в начале Первой мировой войны, 22 сентября 1914 года, в лесу Сен-Реми под Верденом, во время первой битвы на Марне.
После смерти были изданы его ранние стихи и прозаические миниатюры, составившие книгу Чудеса (фр. Miracles, 1924 год), а также несколько томов писем. Фрагменты его незаконченного романа Коломб Бланше (фр. Colombe Blanchet) были опубликованы в декабре 1922 года в журнале «Нувель ревю франсез».
