Происходил из влиятельной греческой семьи Транос. Взошёл на константинопольскую кафедру в 1572 году после Митрофана III, низложенного за склонность к унии. За отношения с папой в 1585 году был сослан на остров Родос. Тюбингенские учёные прислали ему экземпляр Аугсбургского исповедания, в греческом переводе; патриарх в ответном послании 1576 года подробно изложил, в чём он не согласен с протестантами. Тогда патриарху послан был греческий перевод «Compendium theologicum» Геербранда. Сближения, однако, не последовало, так как Иеремия заявил, что его первые возражения остались неопровергнутыми. В Западной Европе эта переписка вызвала оживлённую полемику между протестантами и католиками. Герцог вюртембергский издал переписку тюбингенских богословов под заглавием: «Acta et Scripta theologorum Wirtembergensium et Patriarchae Constantinopoli» (Виттенберг, 1584).
В русской истории Иеремия известен, прежде всего, как учредитель патриаршества. Учреждение патриаршей кафедры в столице Русского государства легализовывало фактически автокефальное управление епархиями Русской церкви в границах Московского государства. На тот момент митрополиты, поставляемые в Москве, утратили фактическую возможность управления (а затем и титул архиереев) Киевской митрополией за пределами России и стали именовать себя «Московскими и всея Руси». С этим титулом состоялось поставление первого патриарха Русской церкви, соответственно в его юрисдикцию не входили русские епархии, которые оставались в ведении митрополита Киевского и всея Руси (Украина и Литва), подчиненного Константинопольскому патриархату.
Прибыв в Россию в 1588 году, Вселенский Патриарх Иеремия II, по просьбе царя Феодора Иоанновича, его первого советника - Бориса Годунова, и архиереев Русской Церкви, поставил первого Патриарха Московского и всея Руси Иова.
