Был младшим сыном трапезунского императора Мануила I от его третьей жены Ирины Сирикаины, трапезундской дворянки. Вступил на престол в июне 1280 после получения в Трапезунде известия о том, что его брат император Георгий попал в плен к туркам, брошенный на территории врага своими бежавшими войсками.
В 1284 году, во время отсутствия Иоанна в Трапезунде, его родственник, царь Имерети Давит VI Нарин предпринял попытку восстановить грузинское влияние на империю и осадил ее столицу. После провала осады грузинские войска заняли несколько провинций и содействовали сестре Иоанна Феодоре, дочери Мануила I и его второй жены Русудан Грузинской, занять престол. Однако вскоре в 1285 году Феодора была свергнута вернувшимся Иоанном.
Правление Иоанна было ознаменовано ослаблением влияния Хулагуидов на Трапезундскую империю. Кроме того в 1291 году папа римский Николай IV отправил Иоанну несколько писем с предложением обратиться в католичество и принять участие в новом крестовом походе, однако император проигнорировал их.
Иоанн II был женат на Евдокии Палеолог, третьей дочери византийского императора Михаила VIII Палеолога, и имел от нее двух сыновей, старший из которых — Алексей — унаследовал трон после Иоанна. После смерти мужа в 1297 году в пограничной крепости Лимнии, императрица Евдокия вернулась из Трапезунда в Константинополь вместе с младшим сыном.
Брак и дети
- Жена: с сентября 1282 (Константинополь) Евдокия Палеолог (ум. 13 декабря 1302), дочь Михаила VIII Палеолога, императора Византии
- Алексей II Великий Комнин (август 1283 — 3 мая 1330), император Трапезунда
- Михаил Великий Комнин (1285 — после 1355), император Трапезунда
