Родился 6 апреля 1849 года в Нерчинском Заводе Забайкальской области (ныне в Забайкальском крае) в семье купца. Его дед и дед известного художника-абстракциониста Василия Кандинского были родными братьями.
Окончил 3-ю московскую гимназию с отличием, поступил на медицинский факультет Императорского Московского университета, где его учителем был профессор Кожевников Алексей Яковлевич. Получил глубокое философское образование. Окончил учёбу в московском университете в 1872 году, в 1873—1876 годах работал ординатором общесоматической Первой градской больницы в Москве. В 1876—1877 годах служил во флоте судовым врачом, участвовал в Русско-турецкой войне. Во время войны перенёс свой первый психотический приступ. Психическая болезнь привела его к занятию психиатрией. В 1880 году он публикует описание собственной болезни — «К учению о галлюцинациях». Он отмечал, что «имея несчастье в продолжение двух лет страдать галлюцинаторным помешательством и сохранив после выздоровления способность вызывать известного рода галлюцинации по произволу, я, естественно, мог на себе самом заметить некоторые условия происхождения чувственного бреда». В 1881 году выходит немецкий перевод книги («Archiv f?r Psychiatrie und Nervenkrankheiten», 1881, Bd. 11, H. 2, s. 453—464) и сразу получает отклик во французской и немецкой литературе, в частности, со стороны Сегла? (Seglas) и Генриха Шюле (H. Sch?le), автора знаменитого учебника, с которым у Кандинского заочно установились дружеские отношения. С 1881 г. до конца жизни состоял ординатором психиатрической больницы св. Николая Чудотворца в Санкт-Петербурге. В Петербурге Кандинский начал работу над основным трудом своей жизни «О псевдогаллюцинациях». В этом труде он провёл блестящий дифференциально-диагностический анализ псевдогаллюцинаций и истинных галлюцинаций, а также других состояний, в том числе гипногогических, конфабуляторных, патологического фантазирования, обманов памяти, сновидно-галлюцинаторных. Сочинение было представлено Кандинским председателю Санкт-Петербургского Общества психиатров профессору И. П. Мержеевскому на соискании премии им. врача Филиппова в 1885 году и было удостоено этой премии. Хотя в январе 1886 года было сделано постановление о её публикации на средства Общества, она не была напечатана «за отсутствием средств». Кандинский так и не дождался этой публикации на русском языке. Дело ограничилось публикацией только выводов этой монографии (Кандинский В.Х. Клинические и критические изыскания в области чувств // «Медицинское обозрение», 1885, т. 23, № 3, с. 231—235). Однако удалось опубликовать её на немецком языке в Берлине («Kritische und klinische Betrachtungen im Gebiete des Sinnestauschungen», 1885). Только после трагической гибели Кандинского в 1889 году его вдова Елизавета Карловна Фреймут-Кандинская забрала рукопись и издала её за свой счёт в 1890 году («О псевдогаллюцинациях, критико-клинический этюд», Москва), после чего, как и муж, покончила жизнь самоубийством. Кандинский подробно обосновал в 1883 году необходимость ввести в законодательство, помимо медицинского, также психологический (юридический) критерий вменяемости, что сделало его одним из основоположников российской судебной психиатрии. Однако его монография-собрание судебнопсихиатрических экспертиз также увидела свет только благодаря подвижничеству его жены, выпустившей эту книгу со своим предисловием и примечаниями на свои средства в 1890 году («К вопросу о невменяемости», Москва). В ней Кандинский определил критерии невменяемости, описал признаки т. н. исключительных состояний. В 1882 году Кандинский, первым в России, предложил классификацию психических заболеваний, которая тогда же была введена в Санкт-Петербургской психиатрической больнице св. Николая Чудотворца, где он работал, а в 1886 году принята на Первом съезде психиатров России. В ней он выделил понятие «идеофрении» (соответствует нынешней шизофрении).
Кандинский впервые в российской медицине обосновал понятие психопатий, указал на ряд признаков шизофрении, высказался за использование трудовой терапии при лечении психозов. Кроме того, им напечатаны: «Психологические этюды» (1881); «Современный манизм» (Хар. 1882). Ему принадлежит отличный перевод сочинения Вундта: «Основы физиологической психологии» (Москва, 1880—1881). Переводил труды Мейнерта.
Виктор Кандинский покончил с собой в 1889 году во время одного из психотических приступов душевной болезни путём передозировки морфином.
