Обучался в Гориции и Меране, продолжил обучение естественным наукам в университете Виенны. С 1862 до 1869 читал лекции в университете Модены, в 1869 получил должность профессора зоологии и сравнительной анатомии в университете Падуи. В 1862 он основал Societ? dei Naturalisti Modenesi (Моденской общество натуралистов), а в 1871 Societ? Veneto-Trentina di Scienze Naturali (триенто-венецианское общество естественных наук)
Канестрини сделал вклад в различные биологические дисциплины, ему принадлежат важные исследования в области акарологии. Он защищал дарвинизм и перевёл труды Дарвина на итальянский. Своей популярностью в Италии дарвинизма в XIX веке во многом обязан Канестрини. Перу ученого принадлежит более 200 научных работ, также он основал бактериологическую лабораторию в Падуе.
