В 1536—1546 году обучался в Кёльнском университете, где сблизился с членами Общества Иисуса. В 1543 году вступил в общество, став первым иезуитом из числа голландцев. После окончания университета рукоположён во священники, занимался богословием и издательской деятельностью, в частности, издал труды Кирилла Александрийского и Папы Льва Великого. В 1548—1549 годах преподавал богословие в Мессине (Сицилия), в 1549 году принёс вечные монашеские обеты и в том же году получил степень доктора богословия.
В 1549—1552 годах был ректором Венского университета, преподавал в нём богословие. Трижды отказывался от принятия сана епископа, желая сосредоточиться на делах ордена.
В 1556—1569 годах занимал пост провинциала южногерманской провинции Общества Иисуса. В этот период он стал одним из наиболее влиятельных членов ордена. Постоянно разъезжал по всей Германии, основывал и контролировал иезуитские школы. Став доверенным лицом многих из католических князей Южной Германии, энергично противодействовал распространению Реформации. Оказывал большое влияние на императора Священной Римской империи Фердинанда I. Принимал участие в работе Тридентского собора, после его окончания выполнял в Германии ряд папских миссий, направленных на реализацию постановлений собора.
В 1580 г. Канизий удалился из Германии, оставив у себя за спиной немецкую провинцию иезуитов, превратившуюся благодаря его деятельности в мощную контрреформаторскую силу. Последние 17 лет жизни он провёл в швейцарском Фрибуре, где основал школу иезуитов, ставшую впоследствии основанием Фрибурского университета.
Пётр Канизий — автор 30 богословских сочинений. Наибольшую известность получили три катехизиса — «Сумма христианского учения», «Сумма христианского учения, разбитая на вопросы и приспособленная к восприятию людей необразованных» и «Малый катехизис». Катехизиса Канизия ещё при его жизни выдержали более 200 изданий. Канизий также был известен своими проповедями, особенно в кафедральном соборе Аугсбурга, где он регулярно служил в 1559—1568 годах.
Сразу после смерти Канизия был начат процесс его беатификации, который однако был на время прерван в связи с роспуском иезуитов в 1773—1814 годах. В 1864 году Пётр Канизий был причислен к лику блаженных, 21 мая 1925 года он канонизирован и причислен к Учителям Церкви. Папа Лев XII называл Петра Канизия вторым апостолом Германии после Бонифация. Память Петра Канизия в Католической церкви — 21 декабря, в Германии принята дата 27 апреля.
