Дочь Чарльза Педжа (Charles Pegge), главного врача Вернон-Хауса — последней частной психиатрической клиники в Уэльсе. У неё было шесть братьев и сестёр. Старший брат, Эдвард Педж, стал известным доктором и не менее известным регбистом. Краткое время обучалась в Челтенхэмском женском колледже. В 1889 году вышла замуж за археолога Бена Каннингтона, почётного куратора музея г. Девизес. Единственный сын Эдвард погиб во время Первой мировой войны.
С 1897 года занималась работами по «спасательной археологии» — срочным раскопкам памятников, которым грозил снос или разрушение Раскапывала такие ныне известные в археологической литературе памятники, как Нэп-Хил (en:Knap Hil) — первая известная насыпная стоянка, поселение железного века в Олл-Кэннингс-Кросс (en:All Cannings Cross), Уэст-Кеннетский курган (en:West Kennett Long Barrow), Фигсбери-Ринг (en:Figsbury Ring), Вудхендж (название которому дала она сама по аналогии со Стоунхенджем). Также она повторно открыла Уилтширское святилище (en:The Sanctuary), забытое вскоре после того, как его посетил в XVIII веке известный антиквар и археолог Уильям Стьюкли. Земельные участки, на которых находились Вудхендж и Уилтширское святилище, были приобретены семейством Каннингтонов и затем переданы в дар государству. В 1931 году М. Каннингтон избрали президентом Уилтширского общества археологии и естественной истории.
В 1948 году она стала командором Ордена Британской империи за заслуги в археологии, и таким образом, стала первой женщиной-археологом, заслужившей этот орден. Страдавшая с 1947 года от болезни Альцгеймера, она так и не узнала об этой награде. Почти всё своё имущество общей стоимостью около 14000 фунтов стерлингов она завещала Музею Уилтширского наследия (en:Wiltshire Heritage Museum).
