Воспитывался, будучи студентом, за счёт «Дружеского общества» и, уже приобретя звание шотландского мастера, был отправлен в 1788, вместе с Максимом Невзоровым, за границу — учиться химии, медицине и, вообще, естественным наукам, чтобы стать затем лаборантом для практических розенкрейцерских работ. Получив степень доктора медицины в Лейденском университете, Колокольников и Невзоров возвратились в 1792 на родину.
Однако в это время развернулось судебное дело против Николая Новикова, и молодые люди были арестованы в Риге как агенты мартинистов. Перевезённые в Петропавловскую крепость, Колокольников и Невзоров допрашивались знаменитым Шешковским. В судьбе их принял участие И. И. Шувалов, но Колокольников заболел и скоро умер в Обуховской больнице. Ранняя смерть помешала Колокольникову заявить себя в литературе; он перевёл только с французского «Сокращенную историю философии от начала мира до нынешних времен» (М., 1785).
Игорь Пыхалов приводит факты, указывающие на душевное нездоровье Колокольникова и Николая Новикова на момент ареста.
