В 1875 году Костомаров перенес тяжёлую болезнь, сильно подорвавшую его здоровье. В этом же году он женился на Ал. Л. Кисель, урождённой Крагельской, которая была его невестой ещё до ареста его в 1847 году, но после его ссылки вышла замуж за другого. Работы последних годов жизни Костомарова, при всех их крупных достоинствах, носили на себе, однако, некоторые следы пошатнувшейся силы таланта: в них меньше обобщений, менее живости в изложении, место блестящих характеристик заменяет иногда сухой перечень фактов, несколько напоминающий манеру Соловьёва. В эти годы Костомаров высказывал даже такую точку зрения, что вся задача историка сводится к передаче найденных им в источниках и проверенных фактов. С неутомимой энергией работал он до самой смерти. Умер 7 (19) апреля 1885 года, после долгой и мучительной болезни. Николай Иванович похоронен в Санкт-Петербурге на Литераторских мостках Волковского кладбища.
Оценка деятельности
Репутация Костомарова, как историка, и при жизни, и после смерти его неоднократно подвергалась сильным нападкам. Его упрекали в поверхностном пользовании источниками и проистекавших отсюда ошибках, в односторонности взглядов, в партийности. В этих упреках заключается доля истины, весьма, впрочем, небольшая. Неизбежные у всякого учёного мелкие промахи и ошибки, быть может, несколько чаще встречаются в сочинениях Костомарова, но это легко объясняется необыкновенным разнообразием его занятий и привычкой полагаться на свою богатую память. В тех немногих случаях, когда партийность действительно проявлялась у Костомарова — а именно в некоторых трудах его по украинской истории, — это было лишь естественной реакцией против ещё более партийных взглядов, высказывавшихся в литературе с другой стороны. Не всегда, далее, сам материал, над которым работал Костомаров, давал ему возможность придерживаться своих взглядов на задачу историка. Историк внутренней жизни народа по своим научным взглядам и симпатиям, он именно в своих работах, посвящённых Украине, должен был явиться изобразителем внешней истории.
Во всяком случае, общее значение Костомарова в развитии русской и украинской историографии можно, без всякого преувеличения, назвать громадным. Им была внесена и настойчиво проводилась во всех его трудах идея народной истории. Сам Костомаров понимал и осуществлял её главным образом в виде изучения духовной жизни народа. Позднейшие исследователи раздвинули содержание этой идеи, но заслуга Костомарова этим не уменьшается. В связи с этой основной мыслью работ Костомарова стояла у него другая — о необходимости изучения племенных особенностей каждой части народа и создания областной истории. Если в современной науке установился несколько иной взгляд на народный характер, отрицающий ту неподвижность, какую приписывал ему Костомаров, то именно работы последнего послужили толчком, в зависимости от которого стало развиваться изучение истории областей.
Внося новые и плодотворные идеи в разработку русской истории, исследуя самостоятельно целый ряд вопросов в её области, Костомаров, благодаря особенностям своего таланта, пробуждал, вместе с тем, живой интерес к историческим знаниям и в массе публики. Глубоко вдумываясь, почти вживаясь в изучаемую им старину, он воспроизводил её в своих работах такими яркими красками, в таких выпуклых образах, что она привлекала читателя и неизгладимыми чертами врезывалась в его ум. В лице Костомарова удачно соединялись историк-мыслитель и художник — и это обеспечило ему не только одно из первых мест в ряду русских историков, но и наибольшую популярность среди читающей публики.
Взгляды Костомарова находят свое применение при анализе современных азиатских и африканских обществ. Так, например, современный востоковед С. Гафуров указывал в своей статье, посвященной Третьей мировой теории ливийского лидера М. Каддафи: