Мейер Зайдер не скрывался от следствия и сразу заявил о совершённом преступлении. В августе 1926 года убийца был осуждён к 10 годам заключения. Находясь в заключении, практически сразу же стал начальником тюремного клуба и получил право свободного выхода в город. В 1928 году Зайдер был освобождён с формулировкой «За примерное поведение». Работал сцепщиком на железной дороге. Осенью 1930 года был убит тремя ветеранами дивизии Котовского. У исследователей есть основания полагать, что все компетентные органы располагали информацией о готовившемся убийстве Зайдера. Убийцы Зайдера осуждены не были.
Похороны
Легендарному комкору советскими властями были устроены пышные похороны, сравнимые по помпезности с похоронами В. И. Ленина.
На похороны Котовского в Бирзулу прибыли видные военные лидеры С. М. Будённый и А. И. Егоров, из Киева прибыли командующий войсками Украинского военного округа И. Э. Якир и один из руководителей украинского правительства — А. И. Буценко.
На следующий день после убийства, 7 августа 1925 года, из Москвы в Одессу срочным порядком была направлена группа бальзаматоров во главе с профессором Воробьёвым. Мавзолей был изготовлен по типу мавзолея Н. И. Пирогова под Винницей и Ленина в Москве. 6 августа 1941 года, ровно через 16 лет после убийства комкора, мавзолей был уничтожен оккупационными войсками..
Мавзолей восстановлен в 1965 году в уменьшенном виде..
Награды
Котовский награждён Георгиевским крестом, тремя орденами Красного Знамени и Почётным революционным оружием — инкрустированной кавалерийской шашкой.
В 1939 году в Румынии Ион Ветрилэ создаёт революционную анархо-коммунистическую организацию «Гайдуки Котовского».
Когда советские войска в 1940 году заняли Бессарабию, был найден, осуждён и казнён полицейский чин, который в 1916 году поймал Григория Котовского — бывший пристав Хаджи-Коли выполнявший в 1916 году свой служебный долг по поимке уголовного преступника. Как отметил биограф Котовского Роман Гуль, «за это „преступление“ только советская судебная система могла приговорить человека к смертной казни».
Три ордена Боевого Красного Знамени и почётное революционное оружие Котовского были украдены румынскими войсками из мавзолея во время оккупации. После войны Румыния официально передала награды Котовского СССР. Награды хранятся в Центральном музее Вооружённых Сил в Москве.
Побритую голову иногда называют «стрижкой под Котовского». Такое название происходит из фильма
В 2005 году заключённый Кишинёвской тюрьмы повторил побег из камеры Котовского, разобрав кирпичную кладку.
Власти Одессы собирались поставить памятник Котовскому на Приморском бульваре, использовав для этого постамент памятника Дюку де Ришелье, однако впоследствии отказались от этих планов.
Память
Имя Котовского было присвоено заводам и фабрикам, колхозам и совхозам, пароходам, кавалерийской дивизии, партизанскому отряду во время ВОВ.