Биография
Родился в семье чиновника. Окончил Кременецкое духовное училище, Волынскую духовную семинарию в 1900, Киевскую Духовную академию в 1904 со степенью кандидата богословия В 1904-1905 был профессорским стипендиатом академии по кафедре общей церковной истории. В 1905—1906 был командирован в Константинополь для занятий в находившемся там археологическом институте. Магистр богословия (1911, тема диссертации: «Исторический очерк Сирийского монашества до половины VI-го века»; эта работа была удостоена премии митрополита Макария).
В 1903 был пострижен в монашество и рукоположён во иеромонаха.
С 3 июня 1905 — исполняющий должность доцента по кафедре общей церковной истории Киевской духовной академии. С 4 августа 1911 — доцент академии. 29 августа 1911 возведен в сан архимандрита. С 10 января 1912 — был экстраординарный профессор Киевской духовной академии. С 8 июня 1912 — инспектор и экстраординарный профессор Московской духовной академии.
С 6 июня 1913 — ректор Казанской духовной академии, читал в ней лекции по истории древней церкви. Был последним ректором в истории академии.
Знал классические и некоторые восточные языки, изучал первоисточники истории христианства на Древнем Востоке, отличался «страстным стремлением докопаться до самой мудрёной хронологической даты». Избирался членом Совета Казанского отдела Русского собрания.
Архиерей
С 29 июня 1913 — епископ Чистопольский, второй викарий Казанской епархии (одновременно занимал пост ректора академии). С июля 1914 — второй викарий Казанской епархии.
После официального закрытия академии советской властью она, сохраняя учебную программу, работала в частном порядке. Поскольку здание академии было отобрано, то лекции читались на дому у профессоров, а совет академии собирался на квартире её ректора. В начале 1921 чекисты перехватили присланный епископом Анатолием Патриарху Тихону пакет с отчётом о учебной деятельности академии, что привело к появлению письма из ВЧК в Наркомюст, в котором, в частности, говорилось: «Наличность в Казани подобного очага мракобесия, руководимого духовно-административным центром… нежелательна. Просим вас принять меры к пресечению дальнейшей деятельности указанного учреждения». В марте 1921 епископ Анатолий был арестован и приговорён к одному году принудительных работ. Был отправлен в Москву и заключён на несколько месяцев в Бутырскую тюрьму, где его жестоко избили, сломали челюсть и два ребра.
С 28 февраля 1922 — епископ Самарский и Ставропольский. 24 февраля 1923 вновь арестован за противодействие обновленческому движению (формальным поводом для ареста послужило найденное при обыске в его квартире антисоветское воззвание, написанное от его имени; сам владыка Анатолий заявил, что это фальшивка). 4 августа 1923 ненадолго освобождён, вскоре возведён Патриархом Тихоном в сан архиепископа.
Ссылка в Туркмению
18 сентября 1923 был вновь арестован, обвинен в распространении антисоветских слухов и выслан на три года в административном порядке в Туркмению — в город Полторацк (ныне Ашхабад), а с 1925 — в Красноводск. Продолжал интересоваться научными вопросами в ссылке, из которой писал профессору А. И. Бриллиантову: «А что до нас, то мы теперь не столько изучаем древнюю церковную историю, сколько являемся жертвами трагизма новейшей русской церковной истории. Служебная и неслужебная одиссея поставила нас далеко от библиотек и даже от собственного небольшого собрания книг по специальности. Очень любопытно было бы узнать — каково состояние науки древней церковной истории в Европе после войны и какие открытия, капитальные издания и крупные исследования можно там отметить…». Вернулся из ссылки в 1927.
