В начале гражданской войны он встал на сторону парламента и помогал Кромвелю покорять Шотландию (1648—1651). Он способствовал возведению Кромвеля в сан протектора, но когда парламент предложил Кромвелю корону, Ламберт возражал сильнее всех.
Когда, после смерти Кромвеля, его сын Ричард, занявший пост лорда-протектора, стал опираться не на войско, а на парламент, Ламберт, от имени взбунтовавшейся армии, выступил против Ричарда. После добровольной отставки Ричарда Кромвеля (1659 год) парламент назначил Ламберта вторым начальником армии. Он был за военную республику, но отступил перед Монком, двигавшимся из Шотландии.
В 1660 году он пытался ещё раз поднять восстание, но неудачно.
После реставрации Стюартов Ламберт был обвинён в государственной измене (1662), но указом короля Карла II смертный приговор ему был заменён тюремным заключением.
Ламберт скончался в 1683 году в плимутской тюрьме.
