В конце 1282 года отменил введенную его отцом Михаилом VIII церковную унию с западной (католической) церковью. Проводил политику присоединения к Византии Фессалии, Эпира, отделившихся после четвёртого крестового похода (1204).
Андроник II продолжил политику своего отца по поддержанию византийско-монгольского альянса. Однако, сохранить мирные отношения с кочевниками ему не удалось. В конце его царствования монгольские набеги на балканские владения империи продолжились.
Неудачно вмешался в борьбу между Венецией и Генуей, что привело в начале XIV в. к усилению засилья венецианцев в империи. Стремясь дать отпор сильной турецкой армии (к этому времени захватившей почти всю Малую Азию), нанял в 1303 году войско каталонцев во главе с Роже де Флором, которые после убийства их главнокомандующего в 1305 подняли мятеж, опустошили византийские владения, заняли Фессалию и ряд других византийских областей. Попытки централизованного правительства Андроника вызвали сопротивление феодальной знати, выдвинувшей в 1321 году на трон его внука.
После длительной борьбы за власть, интриг и предательства ближних он был вынужден отречься от престола, после чего он был заключен в монастырь.
Семья
8 ноября 1273 года Андроник женился на дочери короля Венгрии Иштвана V Анне. Она родила ему двух сыновей:
- Михаил IX Палеолог (17 апреля 1277 года — 12 октября 1320) — соправитель отца в1295 — 1320 годах.
- Константин Палеолог (1278—1335). Обладал титулом деспота, первым браком женился на дочери Феодора Музалона Евдокии. Второй раз его супругой стала Евдокия Неокаисаретисса. Стал монахом во время правления своего племянника — Андроника III.
После смерти Анны в 1281 году, спустя 3 года император женился на Ирине Монферратской (принявшей имя Иоланда), дочери маркграфа Монферрата Гульельмо VII.
- Иоанн Палеолог (1286—1308) — деспот, женился на Ирине Хоумнании, не оставил наследников.
- Феодор I (1291—1338) — марграф Монферрата.
- Деметрий Палеолог (умер после 1343 года) — деспот. Отец Ирины Палеолог.
- Симона Палеолог (1294 — после 1336) — жена сербского короля Стефана Уроша II Милутина.
Кроме этих детей, у базилевса были и незаконное потомство:
- Ирина — жена правителя Фессалоник Иоанна Дуки II.
- Мария — жена хана Золотой орды Тохты.