Двоюродный брат императора Конрада II и дальний родственник Генриха III (1039-1056).
Лев IX был епископом в Туле (с 1026), благодаря влиянию императора Генриха III избран в Вормсе, положил начало спорам по поводу инвеституры и безбрачия духовенства, 1053 взят в плен норманнами.
Лев IX был ярым сторонником реформы церкви. Не выступая против назначения королём епископов и аббатов, основные усилия сосредоточил на подъёме морального уровня духовенства. Проявил себя решительным борцом с симонией. Уже в апреле 1049 г. созвал собор в Риме, который сместил ряд епископов. В октябре 1049 г. созвал собор в Реймсе. В Реймском соборе он повелел выставить на алтаре гроб с мощами св. Ремигия, окрестившего Хлодвига. Каждый из присутствовавших на соборе епископов и аббатов должен был поклясться перед этими мощами, что он невиновен в грехе симонии.
Лев IX впервые ввёл в коллегию кардиналов неитальянцев, являвшихся сторонниками церковной реформы. Лев IX был первым из пап. кто после 250-летнего перерыва отважился совершить поездки к северу от Альп. Стремление Льва IX подчинить себе юг Италии, находившийся под церковной юрисдикцией константинопольского патриарха, послужило толчком к острому конфликту с византийской церковью, вылившемуся в Великий Раскол.
В 1054 римский папа Лев IX послал в Константинополь легатов во главе с кардиналом Гумбертом для разрешения конфликта, начало которому было положено закрытием в 1053 латинских церквей в Константинополе по распоряжению патриарха Михаила Кирулария, при котором его «канцлер» Никифор выбрасывал из дарохранительниц Святые Дары, приготовленные по западному обычаю из пресного хлеба, и топтал их ногами.
Однако найти путь к примирению не удалось, и через три месяца после смерти Льва IX 16 июля 1054 в соборе Святой Софии папские легаты объявили о низложении Кирулария и его отлучении от Церкви. В ответ на это 20 июля патриарх предал анафеме легатов. Так произошло разделение церквей на Католическую и Православную.
