Ф. К. Антоммарки получил образование в Италии в медицинском университете города Пизы, по окончании которого с 1812 года работал прозектором в больнице Санта-Марии во Флоренции. В 1818 году, по просьбе кардинала Йозефа Феша и матери Бонапарта, Антоммарки было поручено отправиться вместе с императором Наполеоном I в изгнание на остров Святой Елены, чтобы оказывать ему необходимую медицинскую помощь в случае необходимости, так как врач последнего, О’Меара, незадолго до этого был отстранён от должности.
После смерти императора Франсуа Антоммарки заявил, что Наполен скончался не от рака желудка, а от свирепствовавшей на острове лихорадки, и уклонился от подписания акта вскрытия. Через Англию он вернулся в Италию, а затем поселился в столице Франции городе Париже, где в 1823 году издал двухтомный труд «Les derniers moments de Napol?on», который был весьма распространен. Во время Польского восстания 1830 года Антоммарки в качестве врача отправился в Варшаву. Оттуда он вернулся в Париж, в конце 1831 года переселился в Италию, а в 1836 году переехал в Новый свет, где он жил сначала в Новом Орлеане, затем на Карибы.
Франсуа Карло Антоммарки скоропостижно скончался 3 апреля 1838 года в восточной части острова Куба, в городе Сантьяго-де-Куба.
