Магнус был сыном Кристиана III, короля Дании, и его супруги Доротеи Саксен-Лауэнбургской.
Епископ Эзельский
После 1557 года Ливонский орден находился в незавидном положении. Последний конфликт ордена и Рижского архиепископа разрешился лишь на условиях вторгшегося в Ливонию короля польского и литовского Сигизмунда II Августа, а, значит, Ливония начала попадать под влияние Речи Посполитой. Кроме того, после конфликта у ордена начались финансовые трудности. Сверх того, в 1558—1559 годах царь Иван IV Грозный силами в основном вассальных ему татар осуществил ряд опустошительных рейдов, которыми ознаменовалось начало Ливонской войны. После рейда в 1559 году было заключено перемирие, во время которого орден и его вассалы стали искать помощи, в основном за границей.
Осенью 1559 года епископ острова Эзеля (современное название — Сааремаа) и Пильтена, Йоханн фон Мюнхаузен, обратился за защитой к Дании. Секретным соглашением с королем Фридрихом II епископ уступил королю свои владения остров Эзель и Пилтен с правом на Ригу и Ревель за 30 000 талеров. Король, в свою очередь, отдал эти земли своему брату Магнусу вместо положенных по завещанию отца земель в Голштинии.
19-летний герцог Магнус весной 1560 года явился в Аренсбурге (остров Эзель). В надежде, что Дания его поддержит, дворянство острова поддержало его.
В отличие от Эзеля, пильтенская монастырская область была территориально разрозненной и состояла из трех частей — из епархий Пильтен, Донеданген, Эрвален в северной Курляндии, епархий Хазенпот, Нойхаузен, Амботен, лежащих изолированно на юге и епархии Сакенхаузен на побережье.
Молодой герцог оказался в сложном положении. С одной стороны ещё существующий Ливонский орден пытался опротестовать продажу Пильтена и Эзеля, так как она должна была быть согласована с орденом. С другой стороны Русское государство открыто старалось овладеть прибалтийскими землями.
Король Ливонии
После того, как в 1568 году в войну вступила Швеция, дела для Ивана Грозного шли уже не столь успешно, и от прямого завоевания Ливонии пришлось отказаться. С апреля 1569 года Иван IV рассматривал план создания в Ливонии буферного государства, возглавляемого датским принцем, герцогом Магнусом, в качестве вассала царя. Магнуса этот проект заинтересовал, и в сентябре он отправил своих посланников в Москву. Было достигнуто предварительное соглашение, и 27 ноября посланники получили от царя в Александровской слободе грамоту, содержащую условия для создания вассального Ливонского государства.