Молодые годы
Регентство Аррана
Мария Стюарт была дочерью короля Шотландии Якова V и французской принцессы Марии де Гиз. Именно она ввела в употребление офранцуженное написание имени династии Stuart, вместо ранее принятого Stewart.
Мария родилась 8 декабря 1542 г. во дворце Линлитгоу в Лотиане, а спустя 6 дней после её рождения умер её отец, король Яков V, не вынесший унизительного поражения шотландцев при Солуэй-Моссе и недавних смертей двух его сыновей. Кроме Марии у короля не осталось законных детей, а поскольку к этому времени в живых уже не было никого из прямых потомков по мужской линии первого короля из династии Стюартов Роберта II, Мария Стюарт была провозглашена королевой Шотландии.
Регентом страны при малолетней королеве стал Джеймс Гамильтон, 2-й граф Арран, ближайший родственник Марии Стюарт и её наследник. В Шотландию вернулись дворяне-эмигранты — сторонники союза с Англией, изгнанные или бежавшие из страны при Якове V, который проводил профранцузскую политику. При их поддержке регент Арран в конце января 1543 г. сформировал проанглийское правительство, прекратил преследования протестантов и начал переговоры о браке молодой королевы с наследником английского престола. Эти переговоры завершились в июле 1543 г. подписанием Гринвичского договора, в соответствии с которым Мария должна была выйти замуж за сына короля Англии Генриха VIII принца Эдуарда, что в дальнейшем должно было повлечь присоединение Шотландии к Англии. Тем временем, 9 сентября 1543 г. Мария Стюарт была коронована в Стерлингском замке королевой Шотландии.
Война с Англией
Усиление профранцузской партии шотландских дворян во главе с кардиналом Битоном и королевой-матерью, а также требование Генриха VIII о передаче ему Марии Стюарт, вызвали поворот в политике Шотландии. В конце 1543 г. проанглийские бароны во главе с графом Ангусом были смещены, а к власти пришёл кардинал Битон и сторонники ориентации на Францию. Это не могло не вызвать ответной реакции со стороны Англии. В 1544—1545 гг. английские войска графа Гертфорда неоднократно вторгались в Шотландию, уничтожая католические церкви и разоряя шотландские земли. Одновременно всё более широкое распространение в стране получало протестантство, приверженцы которого в политическом отношении выступали за сближение с Англией. 29 мая 1546 г. группа радикальных протестантов убила Битона и захватила Сент-Эндрюсский замок. Правительство не смогло справиться с ситуацией и обратилось за помощью к Франции.
Французские войска прибыли в Шотландию в начале 1547 г. и выбили протестантов из Сент-Эндрюса. В ответ английская армия вновь перешла границу и наголову разгромила шотландцев в битве при Пинки в сентябре 1547 г. Англичане захватили основные шотландские крепости в Лотиане и на берегах Ферт-оф-Тея, подчинив таким образом важнейшую часть королевства. Мария де Гиз была вынуждена укрыть свою дочь в Дамбартонском замке. К этому времени на престол Франции вступил Генрих II, сторонник решительной борьбы с Англией. По его предложению 7 июня 1548 г. был подписан договор о браке королевы Марии Стюарт и наследника французского престола дофина Франциска. В Шотландию были введены французские войска, которые к концу 1550 г. смогли добиться ухода англичан из страны. 7 августа 1548 г. королева Мария, которой к тому времени исполнилось лишь пять лет, отплыла во Францию.