Хосе Антонио де Мендоса родился в 1667 году в Галисии, был награждён орденом Сантьяго. В течение своей службы занимал различные посты, был послом Испании в Венеции и вице-королём Каталонии.
В 1735 году королём Филиппом V он был назначен на пост вице-короля Перу, что явилось вершиной его карьеры, в должность Мендоса вступил 4 февраля 1736 года в возрасте 68 лет.
В течение его управления колонией между Испанией и Великобританией вновь вспыхнула война (Война за ухо Дженкинса). Вице-король занимался укреплением обороны побережья Перу, модернизировал армию и милицию. В 1742 году он послал из порта Кальяо флот для защиты побережья Чили.
В 1736 году в колонию прибыли испанские учёные Хорхе Хуан и Сантасилья и Антонио де Ульоа, посланные французской академией наук в Перу для изучения экватора (Хорхе Хуан прибыл на одном корабле с вице-королём). После возвращения в метрополию учёные сообщиле о плохом положении дел в колонии, о процветании коррупции в правительстве, а также о контрабанде. Отчёт был позднее опубликован под названием «Секретные новости из Америки» («исп. Noticias Secretas de Am?rica»).
Другим французским влиянием на на науку в колонии был Луи Годен, другой член французской экспедиции. Мендоса назначил его на пост «cosm?grafo mayor» в обязанности которого входило составление альманахов и публикаций, а также составление навигационных инструкций для приплывающих кораблей. В это время в Перу также работали другие французские учёные Шарль Мари де ла Кондамин и Пьер Бугер.
Во время правления Хосе Антонио де Мендосы в Перу произошло два восстания, в 1739 году в Оруро, и в 1742 году под руководством инки Хуана Сантоса Атауальпа. Это восстание поддержало коренное население Перу и метисы, а также бедные слои испанского населения, целью восстания было выгнать из Перу колониальные власти, но успехом оно не увенчалось.
В 1740 году было образовано новое вице-королевство Новая Гранада (существовало и ранее с 1717 по 1724) в результате чего от Перу были отделены несколько важных регионов.
В 1745 году вице-король Хосе Антонио де Мендоса был отправлен в отставку. 17 декабря 1746 года по пути в Испанию Мендоса скончался в районе мыса Горн в возрасте 79 лет.
