В 1555/6-1570 гг. хаким Аксу и Уча. В 1570 г. после его попытки пленить дочь Шах-хана, последний захватил Аксу, пленил Мухаммад-хана и вместе с женой заключил в Чалыш. Пленники были отпущены примерно через полгода по просьбе Абд ал-Карим-хана. С 1588 г. хаким Кашгара и Йанги-Хисара. В 1588 г. по поручению Абд ал-Карим-хана вновь завоевал Турфанский округ, заявивший о своей независимости. Однако после смерти Абд ал-Карим-хана в 1591 г. Турфан и Чалыш вновь отпали от Мамлакат-и Моголийе во главе с Худабанде-султаном. Мухаммад-хан III послал для покорения отпавших владений своего младшего брата Абд ар-Рахим-хана, которому пожаловал эти земли в удел.
Вступил на престол спустя три месяца после смерти своего брата Абд ал-Карим-хана, поскольку был в походе против киргизов в Чу-Таласском междуречье. Летом 1594 г. Шейбаниды неожиданно разорвали союзные отношения и вторглись в государство Мухаммад-хана под предлогом защиты прав сына Абд ал-Карим-хана Шах-Хайдар-Мухаммад-султана. Однако не добившись ощутимых успехов, узбеки быстро ушли, захватив добычу и пленных.
