Сделал многое для предотвращения крымско-турецкой агрессии; так, предупредил Ивана IV о готовившемся походе хана Крыма Девлета I Герая на Астрахань. Был взят под стражу крымским ханом (1569); освобождён, будучи обменянным на крымского вельможу. Сохранившиеся документы посольства Нагого являются ценным свидетельством международных отношений в XVI веке, источником по истории Крымского ханства.
Нагой участвовал также в переговорах с литовскими, датскими, польскими посланниками.
Стал опричником еще в Крыму в 1571 С 1573 входил в ближнюю думу царя Ивана. В последующие годы участвовал во многих дипломатических переговорах. В 1576-1579 гг.- дворовый воевода. Вскоре после смерти Грозного сослан в Новосиль. В 1591 в момент гибели царевича Дмитрия находился в Ярославле, был обвинен правительством в поджоге Москвы.