Старший из восьмерых сыновей окольничего Фёдора Михайловича Нагого от брака с некой Евдокией. Первое упоминание о нём в разрядных книгах находится под 1547 годом, когда он упоминается в чине свадьбы царя Ивана Грозного на Анастасии Юрьевой-Захарьиной. В 1551 году, когда составлялся московский список боярских детей, Нагой был записан в третью статью этого списка.
В 1565 году он был воеводой в Рыльске. В 1570 году был наместником в том же городе и отсюда уведомлял царя о движении крымских татар на южно-русские области. Когда царь выступил против татар, в походе принимал участие и Нагой. В 1572 году во время нашествия Девлет-Гирея он был вторым осадным воеводой на Земском дворе в Москве. В 1573 году участвовал в походе царских воевод на Лифляндию. В 1581 году занимал очень видное место в чине свадьбы царя и своей племянницы Марии Нагой. В 1584 году был первым воеводой в Васильгороде.
Служебная карьера Нагого совершенно изменилась по смерти царя Ивана. После удаления царевича Дмитрия в Углич туда же был удалён и Семён Фёдорович, к которому относился очень неприязненно всесильный тогда Борис Годунов. Замешанный Василием Шуйским в следствие по делу об убиении царевича Дмитрия, он попал под полную опалу и был сослан в одну из своих вотчин, где и прожил до воцарения первого Лжедмитрия. Пожалованный при нём в бояре, он после смерти его снова потерял всякое значение. Судьба его после 1606 года не известна, как не известен и год его смерти. Оставил сыновей Фёдора и Ивана.
