Родился около 1610 года в еврейской семье, принявшей христианство, по одним источникам в Солуни, а по его собственным словам, в греческом городе Трикала. Когда ему исполнилось 14 лет, его старший брат, архимандрит Афанасий, по обычаю греков того времени, отвёз его в Венецию, для обучения грамматике, а оттуда в Рим. Здесь Арсений, по его собственным показаниям, данным впоследствии князю Н. И. Одоевскому в Москве, учился «Омирову и аристотелеву учению и седьми соборам». Когда дело дошло до 8 и 9 собора, и от него, по римскому обычаю, потребовали клятву, что он примет римскую веру, так как иначе «того учения никому не открывают и учить не велят», то он, во избежание неприятностей со стороны католического духовенства, прикинулся больным и уехал из Рима. Впоследствии, однако, находясь в ссылке в Соловках, Арсений сознался, что во время пребывания в столице папы он в действительности переменял веру, потому что иначе его бы не приняли в римское училище. Позднее он три года обучался в Падуанском университете философским и врачебным наукам. Вернувшись на родину и заметив, что братья заподозрили его в отступничестве от православия во время пребывания в Риме, он торжественно проклял папскую веру и затем, 23 лет от роду, принял монашество.
Пробыв некоторое время игуменом в монастыре на острове Кяфе, он жил затем у воевод валахского Матвея и молдавского Василия. Пробыв у последнего два года, он решил отправиться в Киевскую академию, пользовавшуюся в то время громкою славою как рассадник славянского образования; но в Львове он узнал, что в академию не принимают без разрешения польского короля. Отправившись в Варшаву, он был допущен к королю, которого вылечил от каменной болезни, за что получил грамоту к киевскому митрополиту Сильвестру Коссову. В Киеве Арсений встретился с иерусалимским патриархом Паисием, которому очень понравился своим умом и весьма разносторонним образованием. Патриарх взял его с собою в Москву, куда они прибыли 26 января 1649 г. В Москве Паисий расхвалил его пред всеми и на все время своего пребывания в столице зачислил в штат своей патриаршей свиты, так что молодой грек, как «патриарший уставщик», наравне с прочими членами, получил на прощальной аудиенции, данной царем патриарху, «царское жалованье».
С отъездом Паисия Арсений, «яко многим языком искусный», по приглашению царя Алексея Михайловича, занялся было учительством, но вскоре одно обстоятельство неожиданно прервало его педагогическую деятельность. На обратном пути через Киев и Валахию патриарх Паисий узнал от тамошнего населения такие нелестные для репутации рекомендованного им русскому правительству грека отзывы, что счел своим долгом с дороги сообщить об этом в Москву. «Еще да будет ведомо тебе, благочестивый царь, про Арсения, — доносил патриарх со слов малороссов и валахов, — что он… прежде был иноком и священником и сделался басурманом; потом бежал к ляхам и у них обратился в униата, — способен на всякое злое безделие: испытайте его добре и все это найдете…» В свое оправдание Паисий писал: «Я нашел его в Киеве и взял с собою, а он не мой старец. Я того про него не ведал…» Донесение патриарха обратило на себя внимание царя. Князю Н. И. Одоевскому и думному дьяку М. Волошенинову велено было учинить допрос Арсению. Но он во всем запирался: «Католического сакрамента в Риме не принимал и не только в басурманстве, во и в униатстве не был». Энергически отрицая все обвинения, Арсений, торжественно заявил, что «буде кто уличит его в таком двойном отступничестве, тогда пусть царское величество велит снять с него шкуру: милости в том он, Арсений, у государя не просит». Однако, когда предубежденный против подсудимого письмом патриарха князь Одоевский пригрозил телесным осмотром, то Арсений сознался, что он действительно был обасурманен, неволею, но впоследствии принес покаяние янинскому митрополиту и был им помазан миром. Сосланный по суду в Соловки, он, в продолжении трех лет, проведенных там, всячески старался расположить в свою пользу монахов, которые отозвались о нём весьма одобрительно.
