После этого Нектанеб вернулся к угодной для жречества политике и отменил реформу Тахоса. Но одновременно с этим пришлось отказаться от ведения наступательной войны в Сирии. Сирийский поход был прерван. Новый фараон стремился задарить жречество. Только на погребение мемфисского священного быка Аписа Нектанеб II на 2-м году своего царствования отпустил более 40 кг золота и более 500 кг серебра, не считая других несметных даров, в том числе свыше 400 голов рогатого скота и свыше тысячи голов птицы. Остатки храмовых сооружений Нектанеба II были обнаружены в различных частях страны.
В 350 персы сделали попытку покорить Египет, но Нектанеб, пригласив талантливых греческих полководцев, афинянина Диофанта и спартанца Ламия, с наёмниками, успешно отразил натиск врага. Успехи Нектанеба оказали своё действие в Финикии и на Кипре, где вспыхнули новые восстания против персов. Возглавили антиперсидскую коалицию Нектанеб и сидонский царь Теннес. В 346 Нектанеб послал в распоряжение Сидона 4000 греческих наёмников под руководством Ментора с Родоса. Но в 345 — 344 Артаксерксу III Оху удалось подавить восстания в Финикии, Иудеи и на Кипре. Ментор с наёмниками перешёл на сторону персов. В конце 344 Артаксеркс стал готовить новое вторжение в Египет. Он навербовал наёмников в греческих государствах (Фивы, Аргос, греки М. Азии) под командованием фиванца Лакрата и аргосца Никострата и зимой 343 с огромной армией, насчитывающей 300 тыс. пехоты, 30 тысяч всадников, 300 триер и 500 грузовых и торговых кораблей направился в Египет. Египетская армия насчитывающая 60 тысяч египтян, 20 тысяч греческих наемников и столько же ливийцев, подкрепленная большим флотом, встретила врага у сильно укрепленного пограничного города Пелусий. Однако план египетских укреплений Пелусия был выдан персам Ментором, который ранее был на службе у фараона. Персы отвели течение рва в другое место и соорудили насыпи, с которых обстреливали город из осадных машин. Но египтяне быстро заделывали бревнами бреши в стенах и отбивали все атаки врага.
Но затем пришла весть, что персидское войско под командованием Никострата на 80 кораблях зашло в тыл египтянам. Клиний с острова Коса, командовавший наемниками у Нектанеба, попытался с 7000 солдат оказать сопротивление, но был разбит, потеряв более пяти тысяч бойцов. Сам Клиний погиб в этом бою. Путь на юг войскам царя оказался открытым, так как Нектанеб трусливо бежал в Мемфис. Оставшиеся в тылу врага воины гарнизона Пелусия после нескольких дней ожесточенных боев, узнав, что фараон отступил в Мемфис, завязали переговоры с командующим персидскими войсками осаждавшими Пелусий фивянином Лакратом. Они сложили оружие, получив гарантию свободного возвращения в Грецию вместе со всем своим имуществом. Персы начали захват городов Дельты. Ментор со своим отрядом овладел Бубастисом и некоторыми другими городами, и распустил слух, что те, кто перейдёт на сторону персов, получат пощаду, а города взятые силой подвергнутся разрушению. Ментор отпустил пленных, чтобы эти слухи распространились по всей стране и вскоре все греческие наемники, служащие фараону, перешли на сторону Артаксеркса. В 342 персы захватили Мемфис и весь Египет, а Нектанеб, собрав свои сокровища, бежал в Нубию, где оставался независимым правителем до 341, о чём свидетельствуют его надписи найденные в Эдфу.
Правление Нектанеба продолжалось 18 лет. Несмотря на войны, Нетанеб II много строил, особенно на острове Филе, в Эдфу, в Карнаке. Весь Египет полон его памятниками; его имя встречается немногим реже знаменитых имён предшествующих фараонов. В Риме, в термах Диоклетиана найдены два больших льва из гранита, с надписью в честь Тота, относящиеся к эпохе Нектанеба II. При завоевании Египта Александром Великим, была пущена династическая легенда о происхождении его от Нектанеба (который благодаря магическим способностям будто бы переносился в Македонию). Внук Нектанеба, носивший то же имя, занимал важную придворную должность при Птолемеях.
