Спортивная карьера
Детство Магдалены прошло в маленькой баварской деревушке Вальгау, в 15 км от Гармиш-Партенкирхена. Заниматься горными лыжами она начала в четырёхлетнем возрасте. Позже, будучи участницей лыжного клуба SC Wallgau, пробовала себя в разных зимних видах спорта. В биатлонную секцию Магдалену привели родители в возрасте девяти лет, где ей сразу же очень понравилось. Уже тогда проявился её талант, но решение серьёзно выступать на спортивном поприще было принято Нойнер лишь в шестнадцатилетнем возрасте, после окончания школы. Результаты на начальных уровнях биатлонной соревновательной иерархии не заставили себя ждать: за первые четыре года выступлений Магдалена завоевала семь высших наград в чемпионатах мира по биатлону среди молодёжи и стала многократной победительницей национальных молодёжных первенств по биатлону в Германии. Первые свои медали с юниорского чемпионата мира Лена добыла ещё в 2004 году, когда одержала победы в эстафете и спринте, а также финишировала второй в гонке преследования. Через год она увезла с аналогичных соревнований ещё три медали: золото в спринте и два серебра (в гонке преследования и эстафете). Юниорский чемпионат мира 2006 года ознаменовался для Нойнер также тремя наградами: двумя золотыми (в преследовании и эстафете) и одной серебряной за выступления в спринте. На своём последнем юниорском мировом чемпионате в 2007 году Нойнер вновь одержала победы в спринте и гонке преследования. Эти успехи открыли ей дорогу во второй по важности эшелон мирового биатлона — Кубок Европы по биатлону. В сезоне 2005/2006 гг. Магдалена одержала победы в трёх гонках и заняла итоговое пятое место в общем зачёте. Столь значимые результаты позволили главному тренеру немецкой национальной команды Уве Мюссигангу включить Нойнер в состав основной национальной сборной для участия в Кубке мира.
Дебют Магдалены Нойнер в Кубке мира состоялся 13 января 2006 года, где она, выступая в качестве резервистки, заменила временно выбывшую из строя Уши Дизль. Первая гонка, спринт в немецком Рупольдинге, оказалась для неё неудачной — 41-ое итоговое место без зачётных очков в общем зачёте Кубка мира. Но несколько недель спустя, 16 марта 2006 года, в финском Контиолахти Магдалена сумела финишировать четвёртой.
Первая победа в рамках Кубка мира была одержана Нойнер уже в следующем году. 5 января 2007 года Магдалене не было равных в спринте на 7,5 км. Чуть позднее пришли и первые победы на чемпионате мира — в Антерсельве Нойнер показала выдающиеся результаты, одержав индивидуальные победы в спринте и гонке преследования, а в составе эстафетной команды взяв третье для себя «золото». Таким образом, Нойнер стала самой молодой трёхкратной чемпионкой мира по биатлону в истории. Как результат, в начале 2007 года в Германии Магдалена Нойнер была признана лучшей спортсменкой в зимних видах спорта по итогам сезона и вошла в признанную лучшей спортивную команду (женская немецкая биатлонная команда). В конце 2007 года немецкие спортивные журналисты выбрали её лучшей спортсменкой года в Германии.
Следующий сезон принёс Магдалене ещё три высших награды чемпионата мира (в Эстерсунде ей не было равных в гонке с общего старта, а немецким эстафетным командам — в эстафете и миксте), победу в общем зачёте Кубка мира и два Малых хрустальных глобуса (в спринтерских гонках и гонках с общего старта).
Сезон 2008/2009 стал для Нойнер не таким успешным, как предыдущие. Несмотря на то, что Магдалена по итогам сезона завоевала очередной для себя Малый хрустальный глобус (на сей раз — в индивидуальных гонках), ей не удалось завоевать ни одной личной награды на пхёнчханском чемпионате мира, равно как и добиться значимых успехов в Кубке мира — по итогам сезона Лена осталось за чертой призёров общего зачёта.