У Отто был более живой и открытый характер, чем у старшего брата; воспитателям он нравился больше, чем Франц Фердинанд, хотя учился хуже. Отец мальчиков, эрцгерцог Карл Людвиг, также больше любил младшего сына, что привело к напряжённым отношениям между братьями.
2 октября 1886 года эрцгерцог Отто женился на принцессе Марии Йозефе Саксонской, дочери будущего короля Саксонии Георга. Ранее старшую сестру Марии, Матильду, отвергли кронпринц Рудольф и Франц Фердинанд, поэтому этот брак был заключён, чтобы улучшить отношения с саксонским домом. У Отто и саксонской принцессы родились два сына:
