Принимал участие в обороне Москвы от польского короля Владислава в 1618 году.
С 1644 по 1646 г. был воеводою Кеврольским и Мезенским.
В 1645 году поблизости селения Верколы воеводой Афанасием Пашковым в благодарность за исцеление тяжелобольного сына был основан приходской храм во имя св. Артемия.
В 1648 году — объезжий голова в г. Москве, в районе от Пятницкой по Голутвенную улицу.
С 1650 года — воевода в Енисейске. По его приказу в 1654 году был построен Балаганский острог. Указом от 20 июня 1654 года был назначен первым воеводой «на Амур-реку в Китайской и Даурской землях».
Афанасий Пашков отличался жестокостью в обращении с подчиненными (см. иргенские мученики), впрочем, обычной у сибирских администраторов, и по отношению к духовенству. Нёс надзор за опальным протопопом Аввакумом во время его первой ссылки.
В 1659 году был сменен на воеводском посту, после чего постригся в монахи.
