До восстания
Емельян Пугачёв родился в малороссийской казачей станице Зимовейской Донской области (в настоящее время станица Пугачёвская Волгоградской области, здесь же ранее родился Степан Разин).
Отец — Иван Михайлович Пугачёв, скончался в 1762 году, мать — Анна Михайловна, скончалась около 1771 года. Фамилия Пугачёв произошла от прозвища деда — Михаила Пугача. В семье, кроме Емельяна, был брат — Дементий и две сестры — Ульяна и Федосья. Как указывал на допросе сам Пугачёв, семья его принадлежала к православной вере, в отличие от большинства донских и яицких казаков, придерживающихся старообрядчества. Крёстным его сына Тимофея был православный Алексей. Пугачёв пребывал на службе с 18 лет, в 19 лет женился на Софье Дмитриевне Недюжевой, казачке станицы Есауловской.
Участвовал в Семилетней войне 1756—1763 годов, со своим полком состоял в дивизии графа Чёрнышева. Со смертью Петра III войска были возвращены в Россию. С 1763 по 1767 год Пугачёв проходил службу в своей станице, где у него в 1764 году родился сын Трофим и 1768 году — дочь Аграфена. В перерыве между рождениями детей Пугачёв был командирован в Польшу с командой есаула Елисея Яковлева для поиска и возвращения в Россию бежавших старообрядцев.
С началом русско-турецкой войны в 1769 году Пугачёв в команде полковника Кутейникова направляется к Бендерам. При взятии Бендер 16 (27) сентября 1770 года под командованием графа Панина отличился и хорунжий Пугачёв. После отвода войск на зимние квартиры в Елизаветград в 1771 году, Пугачёв заболел («…и гнили у него грудь и ноги»). Полковник Кутейников направил его на Дон в составе команды из ста казаков для замены лошадей. По причине болезни Пугачёв не мог вернуться обратно, поэтому он нанял замену — «Глазуновской станицы (на реке Медведице) казака Бирюкова, коему он за то дал 2 лошади с седлами, саблю, бурку, зипун синей, харч всякой и денег 12 рублев». Сам же направился в войсковую столицу Черкасск проситься в отставку. В отставке ему отказали, предложив лечиться в лазарете или самостоятельно. Пугачёв предпочёл лечиться самостоятельно, после чего направился повидать свою сестру Феодосию с зятем Симоном Павловым в Таганрог, где последний проходил службу. В разговоре с зятем Пугачёв узнал, что тот с несколькими товарищами хочет бежать со службы, и вызвался помочь ему. После поимки Павлов рассказал об обстоятельствах побега, в результате чего Пугачёв вынужден был скрываться, был неоднократно задержан и бежал, неудачно пытался перебраться на Терек.
После очередного задержания Пугачёв был конвоирован в Черкасск. При конвоировании через Цимлянскую станицу сослуживец Пугачёва по Прусскому походу Худяков, по просьбе Пугачёва, взял его на поруки, обязавшись доставить арестованного в Черкасск в сопровождении своего сына. Зная, что сыну из-за малолетства наказания не последует, Худяков поручил отпустить Пугачёва. Следуя маршрутами раскольников, бежавших от преследования в Польшу, он побывал в селениях раскольников-старообрядцев на реке Ковсуге (Койсухе), затем в слободе Кабаньей близ города Изюм, где познакомился с раскольником Осипом Коровка (Коровкиным), подсказавшим Пугачёву способ вернуться к легальной жизни. Для этого надо было пробраться в Польшу, а затем, воспользовавшись указами Сената от 1762 года о разрешении вышедшим из Польши раскольникам-старообрядцам селиться по их желанию в Оренбургской губернии, в Сибири и других местах, заявить о направлении на место поселения. Так и сделав, Пугачёв получил паспорт и направление на поселение в Мечетную слободу на Иргизе.