Марс Рафиков родился в Киргизии в татарской семье. Окончил авиационное училище. Проходил службу в авиационных частях ПВО.
В 1960 году был отобран для подготовки к космическому полёту. 28 апреля 1960 года был зачислен в первый отряд советских космонавтов. Проходил подготовку к космическому полёту на корабле «Восток».
3 апреля 1961 года успешно сдал экзамен по космической подготовке. 16 декабря 1961 был зачислен в космонавты.
24 марта 1962 года отчислен из отряда космонавтов за нарушение дисциплины.
После отчисления из отряда космонавтов Марс Рафиков продолжил службу в Военно-воздушных силах. Он служил в Прикарпатье и в Закавказье.
После выхода в отставку проживал с семьёй в Алма-Ате.
