Родился в Чечне, в ауле Бухиан-Юрт (чеч. БухІан-юрт). Воспитанник Константинопольской военной школы. Полковник египетской армии Мухаммада-Али. Во время службы там совершенно усвоил постройку крепостей, проведение мин и траншей, заложение фугасов. С 1840 года советник Шамиля, инициатор государственных, правовых, религиозных, военных реформ (низама), строитель военно-инженерных сооружений Имамата. Юсуф-Хаджи построил ряд крепостей для армии имама Шамиля — возможно, Гергебиль, Салты, несомненно - Чох, Риси, Ири, Гуны, Уллу, Чалда, Харакан, а также Шалинский окоп в Чечне. Сафаров, наверное, являлся единственным человеком в этом государстве, кому было знакомо понятие географической карты. Через Юсуфа поддерживались связи с Египтом и Турцией. Сам Сафаров утверждал, что «без… моих познаний и советов… Шамиль никогда не достиг бы тех успехов, которые и начались только после моего появления в Дагестане». Имам (в пересказе А. Руновского) был согласен в том, что, руководствуясь идеями Хаджи-Юсуфа, «сделал у себя много нововведений (низам), и между прочим, учредил звание Мудира, некоторое подобие наших генерал-губернаторов». Осенью 1843 г. наиб восточной части Малой Чечни. В 1854 г. лишён всех званий и имущества и сослан в высокогорное селение Тинда в Дагестане будто бы за сношения с турецким пашой и порицание действий Шамиля.
В 1856 году бежал (вместе с семьей и родственниками) к русским в крепость Грозную, куда вышел 18 июля. Вопреки легенде, Юсуф не умер в первую же ночь своего прибытия и даже в 1856 году. Сафаров был отправлен в Тифлис, где составил свою знаменитую карту владений Шамиля, приложив к ней сведения о численности ополченцев наибств на 1856 год. Умер после 1859 года, пережив падение имамата. Считается автором арабоязычных письменных трудов по правоведению и теологии. Труды по теологии до сих пор не найдены.
