В Государственной думе III созыва занимал пост заместителя председателя Госдумы. Лидер партии «Патриоты России»
Патриоты России
После исключения из рядов КПРФ за «раскольничество» 30 октября 2004 создал и возглавил политическую коалицию «Патриоты России», объединившую десять малых партий левоцентристского толка:
- «Евразийская партия — Союз патриотов России» (лидер — Павел Бородин),
- Всероссийская Коммунистическая партия будущего (Владимир Тихонов) (партия создана летом 2004 вышедшими или изгнанными из КПРФ сторонниками Семигина),
- Партия «Национально-патриотические силы РФ» (Шмидт Дзоблаев),
- Народно-патриотическая партия России (Игорь Родионов),
- Партия возрождения России (Геннадий Селезнёв),
- Российская партия пенсионеров (Валерий Гартунг),
- Партия самоуправления трудящихся (Левон Чахмахчян),
- Партия труда (Сергей Храмов),
- Партия «Союз людей за образование и науку» (СЛОН, Вячеслав Игрунов),
- Народно-патриотический союз России (НПСР, Геннадий Семигин).
Коалиция «Патриоты России» была образована на базе Конгресса патриотов, созванного в марте 2004 по инициативе Геннадия Семигина сразу после президентских выборов, которые вслед за думскими оказались провальными для левых партий, и в первую очередь для КПРФ.
В апреле 2005 года возглавил созданную им политическую партию «Патриоты России» (в неё вошли Евразийская партия, Народно-патриотический союз России, большая часть партии «СЛОН» и Партия труда).
Народное правительство
10 марта 2005 создал «теневое» Народное правительство, в которое вошли такие известные политики, как Оксана Дмитриева (министр соцзащиты), Сергей Глазьев (министр финансов), Игорь Родионов (министр обороны), Сергей Бабурин (министр по делам СНГ), Геннадий Гудков (министр МВД и безопасности), Иван Грачёв (министр внешнеэкономических связей и развития предпринимательства), Николай Киселёв (министр сельского хозяйства), Елена Драпеко (министр культуры), Виктор Алкснис (председатель народного комитета по миграционной политике и связям с соотечественниками), Ренат Акчурин (министр здравоохранения), Магомед Толбоев (министр МЧС) и другие. Структура правительства — 22 народных министерства и 4 комитета, объединённые в три блока: экономический, социальный и правовой.
Одной из главных задач этого «независимого органа российской оппозиции» было провозглашена разработка социально-экономического курса, альтернативного тому, что проводит правительство Михаила Фрадкова. Уже в апреле 2005 на своём первом открытом заседании Народное правительство вынесло Новый курс и Концепцию альтернативной бюджетной политики на суд общественности. 22 апреля 2005 года Новый курс получил одобрение на Конгрессе патриотов России.
По мнению Геннадия Семигина, две фундаментальные проблемы в развитии России — это «глубинные перекосы в вопросах собственности» и «колоссальная разница в доходах большинства граждан и узкой группы наиболее обеспеченных людей в стране», а также более чем десятикратное различие в доходах по отраслям и регионам: «Цель нашего нового курса — благополучие каждого отдельного человека и его семьи не в далёком будущем, а в самое ближайшее время». Путь к достижению поставленных целей видится через консолидацию всех патриотических сил и создание объединённой политической партии — партии «Патриоты России».
