Родился в семье Мибу (??), в районе, соответствующем современной префектуре Тотиги. В 14 лет принял монашество в Энряку-дзи (???) на горе Хиэй (???) около Киото. Был учеником Сайтё.
В 838 направился в Китай династии Тан, странствовал также на территории современной Кореи (государство Силла). В Китае он сначал учился у двух мастеров, затем направился в монастырь на горе Утайшань (кит. трад. ???, упр. ???, пиньинь: W?t?i Sh?n) в провинции Шаньси, а потом поехал в столицу Чанъань.
Эннин вернулся в Японию в 847 из-за религиозных притеснений, развёрнутых императором У-цзуном ( кит. упр. ??, пиньинь: W?z?ng). В 854 он стал настоятелем храма Энряку-дзи и главой школы тэндай-сю. Основал храм Рюсяку-дзи Яма-дэра (в современной префектуре Ямагата).
Эннин написал более ста книг. Его дневник путешествий в Китай (????????, Нитто: гухо: дзюнрэй ко:ки) был переведён на английский язык профессором Эдвином Райшауэром под названием «Ennin’s Diary: The Record of a Pilgrimage to China in Search of the Law» (New York: Ronald Press, 1955). Эта книга считается одним из лучших описаний путешествий в танский Китай и государство Силла.
