С 1113 года (по другой версии, с 1096 года) до конца жизни Юрий управлял Ростово-Суздальским княжеством. Начиная с 1132 года он отстаивал на юге интересы свои и братьев, борясь за Переяславль, затем и за Киев (за что, вероятно, получил прозвище Долгорукого).
Проблема даты рождения
С одной стороны В. Н. Татищев называет датой рождения Юрия 1090 год, что делает его сыном первой жены Владимира Мономаха — дочери последнего правившего англосаксонского короля Гарольда II, Гиты Уэссекской. Однако, «Гюргева мати», о которой говорит «Поучение» Владимира Мономаха, умерла 7 мая 1107 года. Это не позволяет отождествить её с Гитой, скончавшейся 10 марта, вероятно, 1098 года. Таким образом, Юрий Владимирович мог быть сыном второй супруги своего отца Ефимии и родился в промежутке между 1095—1097 и 1102годами (последняя дата — год рождения его младшего брата Андрея).
По одной из версий его сын Андрей Боголюбский родился около 1111 года. Вряд ли Юрию в это время могло быть меньше 16-17 лет.
Вопрос даты рождения Юрия остаётся открытым. Эта дата может пока быть лишь приблизительно определена как 1090-е годы.
Правление в Ростово-Суздальском княжестве
В 1120 году возглавил поход русских войск против волжских булгар. В походе также участвовали половцы.
Когда в 1132 году перешедший по смерти Мстислава Великого Ярополк Владимирович отдал Переяславское княжество Всеволоду Мстиславичу, Юрий выгнал последнего оттуда. Тогда Ярополк посадил в Переяславле Изяслава Мстиславича, но Юрий воспротивился и такому варианту. Затем из Турова Изяслав был изгнан Вячеславом Владимировичем, после чего уехал в Новгород, откуда с братом Всеволодом организовал поход в Ростово-Суздальское княжество (1134). В битве при Ждане горе обе стороны понесли значительные потери, но не добились решающего успеха. В 1135 году Переяславль был отдан Ярополком Юрию в обмен на центральную часть его княжества с Ростовом и Суздалем. Однако, выступление коалиции Мстиславичей и Ольговичей против Ярополка привело к тому, что Юрий вернулся в Ростов, в Переяславль был переведён Андрей Владимирович Добрый, а на Волыни сел Изяслав Мстиславич.
После смерти Ярополка и изгнания Вячеслава из Киева Всеволодом Ольговичем (1139) активность Юрия свелась к неудачной попытке поднять новгородцев в поход на юг.
В период своего первого киевского княжения (1149—1151) оставил в Суздале сына Василька, во время последнего киевского княжения (1155—1157) сохранил Ростово-Суздальскую землю за собой лично, планируя оставить её после своей смерти своим младшим сыновьям Михаилу и Всеволоду, а старших утвердить на юге. Но вскоре из Вышгорода на северо-восток вернулся его старший на тот момент сын Андрей, а после смерти Юрия перенёс столицу княжества во Владимир-на-Клязьме.
Градостроительство
Построил ряд крепостей, в том числе Дубну, Константин (впоследствии город Кснятин, село Скнятино, затоплено Угличским водохранилищем в 1939), Переславль-Залесский, Кострому и др.
В годы его правления впервые в летописях упомянута Москва (1147), где Юрий угощал своего союзника, князя Новгород-северского Святослава Ольговича (отца Игоря Святославича, героя Слова о полку Игореве). Суздальский боярин Степан Иванович Кучко владел сёлами и деревнями по реке Москве. Юрий Долгорукий проездом остановился в этой местности, а Кучко приказал убить за какую-то грубость, завладел сёлами убитого боярина и заложил на берегу реки Москвы город, который долго назывался Кучковым, а затем Москвой. Детей Кучко Юрий взял с собой в Суздаль или Владимир, и на дочери Кучко, Улите, женил своего сына Андрея.